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935K甲基化芯片

甲基化在维持正常细胞功能、遗传印记、X染色体失活、胚胎发育、衰老以及疾病的发生起着极其重要的作用。近日,Illumina推出了 Infinium Methylation EPIC v2.0(Illumina 935K甲基化芯片),该产品是Illumina Methylation EPIC v1.0(illumina 850K甲基化芯片)的升级版本,该芯片包括超过935,000个CpG位点,**限度地兼容Illumina 850K甲基化芯片的情况下,935K甲基化芯片在原850K甲基化芯片的基础上经过评估,将850K甲基化芯片中性能较差的探针移除和替换。同时增加了186000个CpG位点,包含靶向增强子、超级增强子、CTCF结合位点、CNV检测区域以及850K甲基化芯片上未充分覆盖的CpG岛和常见的癌症驱动突变。此外,935K甲基化芯片还增加了经ATAC-Seq和ChIP-Seq实验鉴定的染色质开放区域,同时注释基因版本从HG19更新到HG38以及GenoCode数据库的更新,该款芯片不仅是适合筛选分子标志物的一款芯片,同时也是一款适合复杂疾病基因组关联分析研究的(EWAS)的最新款甲基化芯片。


我们用细胞系样本进行实验,每一株细胞系进行4重复,用于检测Illumina 935K甲基化芯片的稳定性,从illumina平台质控数据、以及差异分析等多方面验证这款新产品的适用性以及公司检测的稳定性。



基于甲基化芯片平台进行差异分析


基于批次校正之后的矩阵表,基于ChAMP包的champ.DMP函数进行差异甲基化位点DMP分析,配对样本使用等方差双尾配对t检验。对于计算结果的p值,使用Benjamini & Hochberg 方法进行多重假设检验,减少假阳性。我们主要基于差异甲基化位点的染色体分布图、散点图、火山图、热图以及TSS上下游甲基化分布图来展示差异位点。


将差异甲基化位点在各染色体上进行展示。展示形式上考虑了探针的疏密程度。图中黄色点和蓝色点分别代表Δβ>0和Δβ<0的CpGs,峰越高代表Δβ值越大,峰越宽代表该区段差异的甲基化位点越多。


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差异甲基化位点在火山图上的展示,散点图用于展示组间的差异CpGs。图中横纵坐标分别代表control和case组,左上方红色位点代表高甲基化的位点,右下方红色位点代表低甲基化的位点。


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火山图用于展示组间差异CpGs的Δβ和显著程度,图中横坐标为Δβ值,纵坐标为P值或adj.P值的负对数。图中右上区域和左上区域分别代表红色点代表高甲基化位点和绿色位点代表低甲基化的位点且具有统计学差异的位点。


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  热图用于查看组间和组内样本相似程度。我们挑选差异甲基化位点进行绘制热图,下图左展示是使用β值直接进行绘图的热图结果,下图右展示使用z-score标化后绘制热图结果。


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  TSS上下游甲基化分布图。我们提取差异甲基化位点相关信息,分析转录起始位点TSS上下游5kb的组间甲基化差异。


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