1、原理简介 ATAC-seq技术由ATAC实验和高通量测序两部分组成，它是分子生物学研究染色质可接近性的技术。该技术在2013年首次被提出，作为MNase-seq、FAIRE-seq和DNAse-seq的替代或补充方法。ATAC-seq实验的关键部分是转座酶Tn5对样品基因组DNA的作用。 ATAC-seq采用突变的多活性转座酶，允许高效切割暴露的DNA和同时连接特定序列的接头。分离接头连接的DNA片段，通过PCR扩增后用于高通量测序。
ATAC(Assay for Transposase-Accessible Chromatin)
携带着接头（Adapter）的转座酶复合物进入到染色质开放区域，将处于松散状态的DNA片段化同时末端加上接头。特定成对的PCR引物在DNA片段扩增同时末端加上index，经分选纯化后即为可测序文库。 2、技术目标 ATAC-seq技术检测染色质开放区域，即Tn5酶可接近的DNA区域，将快速又敏感的表观遗传现象可视化。使用具有50,000个细胞的简单两步方案捕获开放的染色质位点。转座子优先并入一般没有核小体（无核小体区域）或暴露DNA段的基因组区域。因此，基因组中某些基因座序列的富集表明该区域不存在核小体，处于DNA结合蛋白等核机器能进入的松散暴露状态，提供有关染色质区段转录活跃状态的信息。 ATAC-seq实验的测序部分通常将产生数百万个可以成功比对到参考基因组的高通量测序reads。每条reads指向在实验期间发生的一次切割事件在基因组上的位置。然后对比对到参考基因组上的reads进行计数，并创建具有碱基对分辨率的信号峰值（peak）。 在实验过程中DNA可接近的基因组区域（染色质开放区域）含有更多的测序reads（因为转座酶优先作用于这些位置）。这些开放位点区域可以进一步分为各种调节元件类型：启动子，增强子，绝缘子等。通过进一步的信息整合，如峰与转录起始位点的距离，产生处于开放区域作用下的基因列表；或计算开放区域内的高倾向结合某种特定蛋白的碱基序列（motif），得到活跃基因的上游调控因子，提供全基因组转录因子发生的信息。 ATAC-seq技术可以进行样本之间差异的染色质开放位点的比较，通常并不单独使用。作为检测表观遗传-染色质开放状态现象的方式，与样本基因表达谱紧密相连，从靶标基因的表观状态关联到表达水平，具有强大的数据挖掘作用。此外，通过关联基因组、外显子，染色质免疫共沉淀（组蛋白修饰或转录因子结合）测序信息，形成：表观调控-基因组-基因表达的完整调控链。 3、技术优势 采用转座酶法进行DNA片段化，将繁琐的DNA片段化、末端修复和接头连接反应等步骤变为一步简单的酶促反应，将实验耗时缩减到2-3小时。 实验步骤简化带来的备样时间跨度缩短和失误概率降低，使实验成功率和可重复性大大提升。 样本需求量从***别甚至***别降低到为50,000个细胞，相较于被替代技术，样本量缩减了至少1000倍，当样本收集困难时更显示出独特的优势。 4、参考文献 1.Wu JY. et al. (2016) The landscape of accessible chromatin in mammalian preimplantation embryos. Nature.534(7609): 652-657. 2.Greenleaf WJ.et al. Transposition of native chromatin for fast and sensitive epigenomic profiling of open chromatin, DNDNA-binding proteins and nucleosome position . Nat Methods. 2013 Dec. 文库构建策略 文库大小范围为170-750bp。 测序策略 采用Hiseq X10 PE150 测序。 实验流程 1) 细胞计数 2) 细胞裂解，转座反应和纯化 3) PCR 反应和纯化 4) 片段选择 5）文库检测 6) 上机测序 项目周期 8-24 个样品标准流程的运转周期约为40 个工作日，此周期未包括物料订购周期，定制化产品未备库物流，需提前与交付沟通物料申购。遇样品数较多或较少时，项目周期根据项目规模评估而定。 样本要求 样本需求量：每个样本细胞总数200,000 个，稀释于细胞冻存液，分装于冻存管，每管细胞严格控制在50,000 个，总体积不低于1ml。 * 建议所送样本细胞活性高，为生长状态良好的新鲜组织或细胞。 * 一次反应的细胞数对于ATAC-seq 实验至关重要，请务必做好细胞计数工作。 细胞样本处理方法 1、收集活性高，生长状态良好的细胞，加入适量配制好的冻存培养液； 2、用吸管轻轻吹打使细胞均匀，计数，调节冻存液中细胞的最终密度为50,000 个/ml； 3、转移体积1mL 的细胞悬浮液至冻存管中； 4、把冻存管放到程序降温盒内，再把程序降温盒放到-80℃的冰箱里，盒内温度会成线性下降。保护细胞不被损伤； 5、-80℃降温6-24h后，即可准备样本运输。 样本标识 在容器表面写清样品名称，且与信息单上一致。不建议用油性笔直接在管壁或管盖上写样品名称等信息，**将样品名称等各种信息写在标签纸上，贴在管壁，外面再用透明胶带缠绕一圈(防止标签纸没有粘牢脱落，导致样品无法应用)。 样本运输 运输过程中需要添加的干冰和冰袋的量与季节、运输时间长短、泡沫盒的薄厚有关(为更有利于保温，尽量选用大块的干冰，建议将样品用透明胶固定于冰袋上，防止干冰挥发导致样品降解)。所有样品尽量保证48 小时内运达。 备注: ATAC-seq 建库一般细胞起始数量范围为:50,000 个细胞，具体起始量与细胞活性及细胞类型相关，细胞数量足够的样本，成功率更高。 细胞活性检测方法参考 台盼蓝染色法 1、4%台酚蓝母液使用时用PBS 稀释至0.4%，并用0.2um 的滤膜进行过滤处理； 2、细胞悬液与0.4%台酚蓝溶液以9:1 混合混匀。（终浓度0.04%），在三分钟内， 分别计数活细胞和死细胞。 3、细胞活性在70%以上较为理想。若细胞活性率太低，建议进行活细胞筛选。 一、背景介绍 二、实验测序流程 1、实验步骤 2、上机测序 三、生物信息分析流程 四、结果展示及说明 1、原始序列数据 2、测序数据质量评估 2.1测序错误率分布检查 2.2碱基含量分布检查 2.3ADAPTER CONTENT分析 2.4测序数据过滤 3、ATAC-SEQ数据分析结果展示 3.1项目小结 3.2主要结果展示 3.3ATAC-SEQ数据标准分析结果详解 3.3.1ATAC-SEQ数据参考序列比对（READS MAPPING）结果统计 3.3.2结合位点检测（PEAK CALLING）质量控制 3.3.3PEAKS在全基因组功能性区域上的分布注释 3.3.4回帖序列（MAPPED READS）在基因附近的分布特征分析 3.3.5ATAC-SEQ READS在基因上的分布HEATMAP 3.3.6结合位点（PEAK）进化保守性分析 3.3.7MOTIF分析 3.3.8结合位点关联基因筛选 3.3.9结合位点靶基因GO功能富集分析 3.3.10结合位点靶基因KEGG PATHWAY富集分析 3.4不同组ATAC-SEQ数据差异分析结果 3.4.1差异结合位点识别 3.4.2差异结合位点的MOTIF分析 3.4.3差异结合位点的靶基因分析 3.4.4差异位点靶基因的GO功能富集分析 3.4.5差异位点靶基因的KEGG富集分析 3.5ATAC-SEQ与RNA-SEQ数据联合分析结果 3.5.1ATAC-SEQ靶基因与RNA-SEQ差异基因分析 3.5.2OVERLAP基因GO、KEGG富集分析 1、ATAC-seq技术通常与哪些技术结合起来研究？ ATAC-seq获得的是全基因组处于开放状态的序列，这些序列包含了潜在的调控元件，属于表观遗传学的范畴，它通常与RNA-seq、ChIP-seq、Hi-C等技术相结合，可以深入研究基因表达的调控机制。 2、ATAC-seq实验样本要求？ ATAC-seq实验的起始细胞量与转座酶的用量需匹配（5万个细胞对应50ul酶切体系），样本量要求： 细胞系：每管5万个细胞，平行准备3管以上； 动物组织：每管0.1g，平行准备3管以上； 3、ATAC-seq需要生物学重复吗？测多少数据量？周期如何？ 至少需要做2个生物学重复，推荐3个重复。我们采用PE150测序策略，每个样本的测序量10G。周期为40个工作日（2个月）。 转自 学研杂货铺[软件名称]：R-4.2.2 RStudio[软件语言]：简体中文[软件大小]：357MB[安装环境]：Win10 | Win11[下载链接]：回复“R语言”获取最新版安装包软件简介 R（语言）是一套完整的数据处理、计算和制图软件系统。其功能包括：数据存储和处理系统，数组运算工具，完整连贯的统计分析工具，优秀的统计制图功能。R软件具有简便而强大的编程... EchoLUTION 血液DNA提取试剂盒EchoLUTION 细胞DNA提取试剂盒EchoLUTION 植物DNA试剂盒EchoLUTION 组织DNA微量提取试剂盒protocol干血斑DNA提取protocol高产量血液DNA提取protocol微量血液DNA提取protocol-细胞DNA提取protocol植物DNA提取protocol组织DNA提取细胞培养物RNA提取试剂盒 AAH-BLG-1人标记法507个指标广谱芯片AAM-BLG-1小鼠标记法308个指标芯片GSH-CAA-440人440个细胞因子芯片GSM-CAA-4000小鼠200个因子芯片AAM-CYT-1000小鼠1000个因子芯片 Human PI3K-Akt Signaling Pathway Array L1(PI3K-Akt芯片)Human Apoptosis Array L1(人凋亡芯片）Human Autophagy Array L1（自噬细胞芯片）Human Cell Adhesion Molecules Array L1（细胞粘附分子芯片）Human Chemokine Signaling Pathway... 转自Olink研究背景减肥是个永恒的话题。在减肥食谱里「低脂」与「低碳水」是最常见的两类。民间也为究竟那种饮食能够更好的减肥有着各种各样的看法。（图片来源于网络）斯坦福大学医学院健康研究院Christopher D Gardner 博士等科学家报道了一项跟踪了12个月名为DIETFITS的大型临床试验（NCT01826591），文章结果发表在JAMA杂志上，实验中分析了总共609位体重超标的... 相关产品多肽芯片应用定位抗体的抗原表位例如：有效果良好的抗体，但具体结合表位未知，可通过多肽芯片定位其抗原表位；筛选针对目标蛋白的**抗体克隆例如：制备了多种抗体，要筛选某个或某些特定表位抗体；进行表位突变分析例如：原抗体效果下降，可分析是否发生突变导致结合位点改变；靶蛋白结合多肽发现例如：分析目标蛋白相互作用具体位点 信号通路磷酸化芯片•RTKPhosphorylation ArraysAAH-PRTK-1-2（71个因子）•Multi-PathwayPhosphorylation Array: MAPK, AKT, JAK/STAT, NFkB,& TGFbAAH-PPP-1-2(55个因子）•AKTPathway Phosphorylation Array(Human | Mouse)AAH-AK... 糖基化芯片糖基化：是在酶的控制下，蛋白质或脂质附加上糖类的过程，发生于内质网。在糖基转移酶作用下将糖转移至蛋白质，和蛋白质上的氨基酸残基形成糖苷键。蛋白质经过糖基化作用，形成糖蛋白。糖基化是对蛋白的重要的修饰作用，有调节蛋白质功能作用。应用：•检测生物样本中1000种蛋白是否发生糖基化；•糖基化蛋白表达谱探索；GAH-GCM-507GAH-GCM-493GAH-GCM-1000GAH-GCM... 凝集素芯片凝集素：能与糖结合的蛋白质,在细胞识别和粘着反应中起重要作用,主要是促进细胞间的粘着。凝集素具有一个以上同糖结合的位点，因此能够参与细胞的识别和粘着,将不同的细胞联系起来，凝集素**的特点是能识别糖蛋白和糖脂。应用：•检测样本的多糖水平：生物素标记样本，检测凝集素特异性多糖表达水平；•检查目标蛋白是否糖基化：“目标蛋白”与凝集素结合；•检测生物样本中的多糖配体：样本结合后，加入“不... 过敏原蛋白芯片RayBio®过敏原蛋白芯片是为检测常见过敏原（动物、螨虫、真菌（霉菌）、昆虫和树木、草和杂草中的花粉的等常见过敏原）而开发的半定量多重蛋白免疫测定。应用：•人血清中过敏原的高通量分析；•根据 IgE 和 IgG 水平识别潜在的过敏原；•不同过敏性疾病发病主要过敏原不同，是否有多种过敏原引起；•不同过敏性反应，是否存在人群效应，不同人群严重程度不同；癌症相关自身抗体芯片RayB... 转自OlinkOlink Flex自选组合型 panel将为研究者提供自定义的蛋白标志物组合，您可以从208种经过全面验证的炎症相关蛋白库中轻松任选15-21种，实现99%高组合度的多重检测，并且保留了PEA技术的高特异性、高灵敏度等全面的优势，只需要1µL样品。灵活自选Flexibility Without CompromiseOlink Insight在线数据库可以为研究者提供灵活的自选... 期刊：PNAS 影响因子：12.779 发表时间：2022 样本类型：大肠杆菌客户单位：浙江大学医学院附属**医院一、研究背景抗生素耐药性严重威胁着人类健康。到2050年，预计每年将有1000万人死于细菌耐药性引起的感染。迫切需要具有多种作用机制和广谱的新型抗菌剂，以此来对抗耐药性病原微生物带来的日益严重的健康威胁。人体含有保护宿主的阳离子抗菌肽 (CAMP)，它已被研究... 一、研究背景多线南蜥（Eutropis multifasciata）是石龙子科（Scincidae）南蜥属物种，仅分布在热带。本研究旨在获得多线南蜥的完整线粒体基因组，并与其他石龙子科物种的线粒体基因组进行比较分析，以深入了解它们的进化关系。二、实验设计本研究基于Illumina测序，通过denovo组装获得多线南蜥的完整线粒体基因组，并与其他石龙子科物种的线粒体基因组进行选择压力分析、密码... 蛋白质作为生命活动的功能执行体，其研究价值越来越受到重视，由于翻译调控和翻译后调控的存在，RNA 的表达量与实际对应蛋白质的含量相关性并不高，特别是低丰度蛋白与 mRNA 的相关性尤其低。然而诸如蛋白激酶，转录因子等绝大多数低丰度蛋白却又是科研，临床最为青睐的研究对象。所以即使有了 RNA-seq 等高通量的实验方法，直接对蛋白质本身定性定量的检测是十分有必要的。Olink Proteomi... 免疫印迹(Western-blot)技术服务定量western检测 细胞STR鉴定细胞遗传质量检测的重要性细胞系作为正常或肿瘤组织的模式细胞被广泛应用于科学研究和药物开发，然而很大一部分的细胞系被错误标记或被其它个体、组织、种系来源的细胞所替代 。细胞系错误鉴定问题已有50年历史，基于国际细胞库的分析数据显... ATAC-seq，可以鉴定DNA的可触及区域（即未被组蛋白保护的开放区域）。该技术利用Tn5转座酶，将染色质开放区域切割下来，构建成测序文库。目前被广泛应用于基因表达调控研究。由于其高灵敏和低起始量的样本需求，加之atac-seq与其他技术... 蛋白质组定性分析 Qualitative analysis of proteomics 蛋白质纯定性分析实验主要是利用液质联用仪对酶解后的肽段进行检测，然后与对应物种的蛋白序列库进行比对，得到该样品中存在哪些蛋白，以及这些蛋白的肽段序... 长链非编码RNA（long non-coding RNA，lncRNA）是一类转录本长度超过200nt、不编码蛋白的RNA。利用新一代高通量测序技术进行lncRNA测序，并结合生物信息学的预测工具进行lncRNA分析，有助于科研工作者更快发... |
