Affymetrix表达谱芯片

Affymetrix公司的基因表达谱芯片覆盖物种广泛，在真核生物表达谱检测芯片方面产品种类最齐全。Affymetrix公司表达谱芯片设计独特，利用光蚀刻原理，采用短探针（通常25mer长度），多位点设计（对一个基因转录本，设计多个探针，综合起来评价检测信号）。

特点

• 采用独特的光蚀刻原位合成技术合成芯片；

•  采用短探针设计（通常25mer长度），具有较好的灵敏度；

•  采用多位点探针设计，即对一个基因转录本，设计多个探针，综合评价基因表达量；

•  产品线丰富，可分为三大系列：3’IVT、WT、Tiling芯片；

•  表达谱芯片覆盖物种广泛，在真核生物表达谱检测芯片方面产品种类最为齐全。

种类

检测流程

分析流程

产品列表（Human）

芯片名称：Affymetrix GeneChip® Human Transcriptome Array 2.0  NEW！

芯片介绍：Affymetrix 最新开发此款芯片为您提供支持所有转录本异构体的全转录组分析。同时，针对超过40,000个非编码转录本的探针设计，还可帮助您对非编码RNA进行分析。数据来源于RefSeq，Ensembl，UCSC，MGC，nocode，lncRN db及Broad Institute, Human Body Map lincRNAs and TUCP catalog。

芯片名称：Affymetrix GeneChip® Human Genome U133 Plus 2.0 Array

芯片介绍：此款芯片包含了47,000个转录本，代表了38,500个明确的人类基因。数据库来源于GeneBank、dbEST、RefSeq、UniGene database(Build 159 January 25 2003)、Washington University EST trace repository、NCBI human genome assembly(Build 31)。

芯片名称：GeneChip Human Gene 2.0 ST Array  

芯片介绍：Affymetrix 新一代全转录本芯片，一张芯片上可同时检测mRNA和lincRNA，在其上一代 1.0 ST Array的基础上内容进一步丰富并更新了数据库。全面覆盖转录组，可以同时检测>30,000个编码的转录本和>11,000个长链非编码 转录本；探针设计**程度覆盖所有外显子，可检测选择性拼接/转录本变体。每个转录本覆盖特异探针的数目中值达到21种，每种探针的长度为25bp，这意 味着每个转录本将被检测的碱基数中值高达525个，高重复性，高灵敏度。数据来源于 RefSeq，Ensembl，GenBank，UCSC，LncRNA db，Broad Institute, Human Body Map lincRNAs and TUCP (transcripts of uncertain coding potential) catalog。

芯片名称：GeneChip Human Exon 1.0ST Array  

芯片介绍：Affymetrix全转录本表达谱芯片产品，约有4个探针来针对每个外显子，约有40个探针来针对每个基因，覆盖经验性及预测的外显子序列，约 1000000 个外显子。可用于基因表达和可变剪切分析。  

芯片名称：GeneChip Human Gene 1.0 ST Array  

芯片介绍：该表达谱芯片覆盖人全转录本，每个基因用大约25个探针来检测，检测28,869个功能明确的基因表达情况。数据来源于RefSeq，Ensembl，GenBank，UCSC。

芯片名称：PrimeView™ Human Gene Expression Array

芯片介绍：基于UniGene 219和RefSeq 36版本设计探针，包含530,000个探针可以检测20,000多个注释完好功能明确基因的36,000多个转录本，每个转录本采用9-11个探针进行检测。相对于偏重于功能注释完善的基因。

芯片名称：Almac Xcel™ Array

芯片介绍：专门针对福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本设计及优化，针对97,000多个转录本的探针组，70%内容与GeneChip Human Genome U133 Plus 2.0芯片的内容相同。还有8%是未包含的经过验证的RefSeq更新信息，其余22%来自高质量的Almac 公司内部测序数据和验证过滤后的公开数据。

芯片名称：GeneChip Human Transcriptome and Splice Junction Array

芯片介绍：Affymetrix 新近推出的人类转录组和剪接体分析芯片(Human Transcriptome and Splice Junction Array)，又称GG-H芯片(Glue Grant Human Transcriptome Array，GG-H)，是Affymetrix联合Stanford大学和NIH的Glue Grant项目，共同研发的一种基于全新设计理念的芯片。这种芯片针对人类转录组全方位检测的需要，分别对外显子和外显子连接区设计探针，可同时用于基因表达、替代性剪接和编码区SNPs检测；另外，该芯片还收录了大量非编码RNA片段，可用于非编码RNA转录的检测.