液体活检是指通过微创或无创的方式收集血液或其他体液(包括尿液、腹水、胸腔积液等),并对其中肿瘤相关的物质进行分析的一种检验方式。以血液为例,除了正常的红细胞、白细胞、来自正常细胞的游离 DNA (cell free DNA, cfDNA),还可以检测到一些来自肿瘤的物质,包括循环肿瘤细胞 (Circulating Tumor Cell, CTC)、循环肿瘤 DNA (Circulating Tumor DNA, ctDNA)。需要指出的是,cfDNA 可以来自正常细胞和肿瘤细胞,ctDNA 特指来自肿瘤的游离 DNA。 cfDNA(cell free DNA)是指细胞游离DNA,通过细胞凋亡、坏死和分泌释放到血液中(图1)。cfDNA通常是双链片段,长度约为150-200个碱基对。ctDNA的分子遗传和表观遗传信息可以反映出起源细胞的基因组或表观基因组。健康成年人的cfDNA浓度一般很低,通常不到每毫升血浆10微克。 在癌症患者中,总cfDNA的某些成分是由肿瘤细胞释放的,称为ctDNA (Circulating Tumor DNA)。ctDNA在整个cfDNA背景中的比例变化很大,从0.05%到90%不等。影响ctDNA浓度的因素很多,包括肿瘤的体积、定位和血运、抗肿瘤治疗(如手术、化疗、放疗等),以及肝和肾的清除作用。据报道,ctDNA的半衰期为16分钟到2.5小时,这使得ctDNA分析可以作为肿瘤情况的“实时快照”。ctDNA在膀胱癌、结直肠癌和卵巢癌等癌症类型中几乎可以100%被检测到,并且在其他大多数癌症类型中也有超过50%的概率可以被检测到,不过在胶质瘤中只有10%的病例中可以检测到ctDNA。同时,血浆中ctDNA浓度和可检测到ctDNA水平也被证明与肿瘤分期有关。
羟甲基化5hmC是哺乳动物基因组上的第六碱基,在发育、衰老、神经退行性疾病、复杂疾病及肿瘤发生过程中起重要作用;近几年5hmC已经作为一种重要癌症筛查标志物的研究,具有重要的临床价值;5hmC化学捕获测序(5hmC-Seal)通过点击化学、生物素标记捕获等原理,可以超高灵敏度富集羟甲基化信息,降低了DNA输入量的要求, 满足不同样本类型包括血浆cfDNA的全基因组范围羟甲基化检测;广泛用于: 1)发育和疾病甲基化机制研究; 2)复杂疾病与肿瘤分子分型与诊断预后; 3) cfDNA羟甲基化检测、液体活检等临床应用。
在体内cfDNA在血浆里核酸酶的作用下,不断降解消失, 同时新的ctDNA和cfDNA进入血浆中,维持一定的动态和半衰期; 抽血离体之后ctDNA会继续降解、含量逐步减少, 而来自白血细胞的cfDNA持续进去血浆,进而稀释ctDNA浓度,降低检测信号。 因此,在采血、血浆分离及保存运输,每一步操作都会影响数据的质量
为了结果的稳定性和一致性, 我们建议使用Streck等采血管替代普通的 EDTA抗凝管, 对于合作项目,免费提供专门的采血管! 引言 一、文库构建和测序流程 1、DNA样品检测 2、文库构建 3、文库质检 4、上机测序 二、生物信息分析流程 三、结果展示及说明 0、项目基本信息 0.1项目名称 0.2样本信息 0.3样本差异比较方案 1、测序数据质量评估 1.1原始数据质量评估 1.2原始数据Trimming 1.3Clean reads质量评估 2、数据比对分析 2.1参考基因组比对情况统计 2.2C位点的测序深度和覆盖度统计 2.3cfDNA文库片段大小统计 3、甲基化位点检测及分析 3.1甲基化位点检测 3.2甲基化水平检测可靠性评估 3.3甲基化C位点比例统计 3.4C位点甲基化水平分布 3.5甲基化位点motif识别 3.6甲基化位点IGV可视化 4、全基因组甲基化图谱 4.1全基因组平均甲基化水平 4.2全基因组甲基化水平分布图(circos) 4.3功能区域甲基化水平分布 4.4基因上下游甲基化水平分布 5、样本间(组间)甲基化水平比较分析 5.1基因组功能元件甲基化水平比较 5.2全基因组甲基化水平相关性分析 5.3全基因组甲基化水平主成分分析(PCA) 5.4全基因组甲基化水平聚类分析 6、差异甲基化分析 6.1差异甲基化区域(DMR)检测 6.2DMR结果注释 6.3DMR长度分布 6.4DMR甲基化水平分布 6.5DMR甲基化水平聚类热图 6.6DMR锚定区域分布 6.7DMR区域IGV可视化 6.8DMR显著性circos图 6.9DMR相关基因GO富集分析 6.10DMR相关基因KEGG富集分析 四、附件 附件1、甲基化测序常见问题 附件2、软件列表 附件3、参考文献 早筛技术路线 转自环境表观遗传学与暴露组学今天给大家分享的文献发表在Genomics Proteomics Bioinformatics上,标题为Dynamic DNA 5-hydroxylmethylcytosine and RNA 5-methycytosine Reprogramming During Early Human Development,通讯作者为郑州大学**附属医院河南省生殖与遗传学... 在植物中,5mC DNA甲基化是一个重要而保守的表观标记,涉及基因组稳定性、基因转录调控、发育调控、非生物胁迫响应、代谢物合成等。然而,5mC DNA甲基化修饰在茶树生长发育(采摘前)和采摘后风味物质合成中的作用尚不清楚。2023年6月,Horticulture Research上线了(Advance Access)中国农业科学院深圳农业基因组研究所张兴坦研究团队题为5mC DNA meth... DNA甲基化作为表观遗传学研究的重要范畴,已经越来越受到研究者的关注。近些年来,随着DNA甲基化与组蛋白甲基化的联... DNA甲基化(DNA methylation)是指在DNA甲基化转移酶(DNMT)催化下,以S-腺苷甲硫氨酸为甲基... DNA甲基化(DNA methylation)是指在DNA甲基化转移酶(DNMT)催化下,以S-腺苷甲硫氨酸为甲基... DNA甲基化(DNA methylation)是指在DNA甲基化转移酶(DNMT)催化下,以S-腺苷甲硫氨酸为甲基... DNA甲基化是基因组DNA的一种主要表观遗传修饰形式。近年来,大量研究表明DNA甲基化修饰对于维持正常细胞功能、传... Agilent 甲基化芯片通过SurePrint芯片合成专利技术,结合优化的探针设计及实验方法,可灵活进行甲基化研... DNA甲基化是在DNA甲基化转移酶(Dnmt)的作用下将甲基选择性地添加到胞嘧啶上形成5-胞嘧啶的过程,刚被发现时... RNA甲基化修饰(2)——如何检测m6A RNA甲基化修饰(1)——m6A概念 手把手教你如何开展m6A实验 RNA甲基化m6A 2019国自然整体情况从生命科学部和医学科学部总体来看:2019年度,生命科学部获自然科学基金委批准资助6478项... 技术简介:甲基化是表观修饰的重要部分,DNA甲基化可以引起DNA构象、稳定性及DNA与蛋白质相互作用方式的改变,从... 产品介绍:羟甲基化DNA免疫沉淀测序(Hydroxymethylated DNA Immunoprecipitat... 产品介绍:重亚硫酸盐处理结合测序是目前检测甲基化的金标准。在目标区域/位点的甲基化检测和验证环节,我们首次将BSP... 产品介绍简化基因组甲基化测序(Reduced Representation Bisulfite Sequencin... 技术描述 DNA甲基化对于表观遗传学调控机制的时空特异性研究具有重要意义,因而成为表观遗传学的研究热点。而全基因组水平的甲基化测序被认为是DNA甲基化研究的金标准,具有单碱基的分辨率,覆盖范围广等优势而被广泛应用。 B... 将待测DNA经过亚硫酸盐处理,通过PCR扩增过程引入T7启动子序列,经T7 DNA聚合酶的体外转录过程得到各样... |