Data+Base 就可以发paper了看到这里,各位老师回顾实验室多年以来积累的数据,是否跃跃一试了呢?不过,数据库构建需要跟具体的科研领域、科学背景相结合,还涉及到数据加工处理、平台架构设计、网页设计、编程开发等多方面具体的技术内容。 首先,也是最重要的一点,需要牢牢抓住先发优势。在科研领域,填补空白具有很强的时效性。当前,每个物种基本上都需要基因组数据库、表达数据库、变异数据库。以下几类课题组小编认为构建数据平台就非常有必要:
其次,构建数据库好处多多。**,可以对数据进行系统性梳理,有助于您保存、管理、理解数据。第二,利用数据库提供的扩展功能对多组学数据进行轻量级的联合挖掘,提高数据利用率。第三,数据库作为公共平台,促进与其他研究者的交流分享。第四,可作为独立成果发表文章。 同样,数据的加工处理、标准化过程,数据库的框架设计以及可视化组件设计也是不容忽视的。针对不同量级、不同类型的数据,是选择MySQL关系型数据库,还是MongoDB非关系型数据库呢?如何进行分表?为了更好的展示比对结果、表达量信息或者变异信息,该如何选择合适的可视化组件?如果要开发搜索引擎,如何更好的展示搜索结果?这些都需要深入的思考设计以及丰富的经验。一个具备多年编程开发经验和多年生物信息学分析经验的团队,对于高水平数据库项目而言,能够起到事半功倍的效果。 相关数据库案例 我们助力复旦大学附属某研究所,搭建完成人类血液外泌体长链RNA数据库exoRBase。该数据库旨在收录健康人群及不同疾病人群血液外泌体样本中各种RNA数据,为外泌体研究及体液诊断提供有力的信息平台和技术工具。 数据库链接: http:///www.exoRBase.org 研究成果发表在Nucleic Acids Research (IF=10.2)上,文章链接:https://doi.org/10.1093/nar/gkx891
2.瓠瓜数据库 我们助力浙江省农科院某所,开发完成瓠瓜多组学数据库GroudBase。该数据库以基因组数据为核心,整合了包括瓠瓜表型、标记、QTL、遗传图谱及品种等信息在内的多方面数据,构建了直观友好内联的数据平台,能够帮助研究人员和育种工作者方便快捷的实现检索,推动研究进程。 数据库连接:http://www.gourdbase.cn 研究成果发表在Scientific Reports (IF=5.228)上,文章链接:http://doi.org/10.1038/s41598-018-22007-3
我们团队具有成熟完善的数据库开发经验,无论在科研领域还是应用领域均具有丰富的项目经验,是您定制构建成熟数据库平台的不二之选。
参考文献: 1. exoRBase:a database of circRNA, LncRNA and mRNA in human blood exosomes. Nucleic Acids Research, 2017. 2. GourdBase: a genome-centered multi-omics database for the bottle gourd (Lagenaria siceraria), an economically important cucurbit crop. Scientific Reports, 2018. |