产品介绍:
真菌基因组测序,可分为真菌基因组扫描、真菌基因组精细图和真菌基因组重测序。
真菌基因组扫描,即通过高通量测序技术,对已有参考基因组或无参的真菌样本进行测序,获得真菌基因组框架图的研究。并可基于真菌基因组框架图开展基因功能注释、比较基因组学及系统进化研究。
真菌基因组精细图测序,即从头测序,是指不需要任何现有的序列信息就可以对某个真菌物种进行测序,利用生物信息学分析手段对序列进行拼装,目前常用二代测序结合三代测序,可获得基因组精细图,下游可基于真菌基因组精细图开展基因功能注释、比较基因组学及系统进化研究。
真菌基因组重测序,基于已知参考基因组的真菌物种进行高通量测序研究,一般重点关注基因组变异(SNP、InDel等)情况,亦可进行群体研究。可关注大量的单核苷酸多态性位点(SNP)、插入缺失(InDel, Insertion/Deletion)、结构变异(Structure Variation,SV)等变异信息。
真菌基因组测序可以预测重要基因和蛋白以了解其功能和可能机制,已取代传统方法成为研究细菌进化遗传机制、关键功能基因的重要工具。
技术优势:
拥有标准化操作实验室和高通量测序技术平台,实验周期短,质量可靠;
拥有多种测序平台和强大的计算机资源,提供**的测序解决方案和快速的数据分析平台;
技术人员经验丰富,可根据客户需求提供实验方案、解决实验问题、分析实验结果;
拥有专业的生物信息团队,可提供个性化的生物信息分析服务;
技术策略:
| 细菌基因组扫描/重测序 | 细菌基因组完成图 |
测序 策略 | Illumina PE150 (5Gb) | Illumina PE150 (5Gb) + 三代(100x) |
结果 特点 | 可获得基因组框架图并开展多数据库注释、比较基因组等研究。 | Scaffold N50>300k;90%以上的contig和scaffold能够定位到染色体上。可提供多种高级分析选 项,并支持个性化分析方法评估,助力科研深入。 |
技术流程:
图 真菌基因组扫描项目分析流程
图 真菌基因组精细图项目分析流程
送样要求:
Total DNA≥20 μg;浓度≥20 ng/μL ;纯度OD260/280在1.8-2.0之间
DNA完整无降解,无RNA、蛋白质、多糖等污染。
分析示例:
COG功能分类统计:
GO功能注释统计:
比较基因组共线性分析:
全基因组结构变异类型配对图:
直系同源基因venn图:
系统进化树:
项目经验(部分客户文章):
1. Population genomics and evolution of a fungal pathogen after releasing exotic strains to control insect pests for 20 years. ISME (IF=9.693), 2020.
2. Phylogeny of dermatophytes with genomic character evaluation of clinically distinct Trichophyton rubrum and T. violaceum. Studies in mycology(IF=11.663), 2018.