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产品介绍 物种间存在广泛的相互作用,包括寄生、共生、竞争等,而普通的转录组只能研究单一物种的信息,不仅浪费-部分数据,而且在分离中也会对样本本身造成一定的影响。 互作转录组(Dual RNA-seq),无需分离两物种,避免分离造成的干扰,只构建一个转录组文库,便能同时对2个(或多个)物种进行测序和分析,从而揭示互作物种间基因表达的动态变化。同时,还可以通过互作模型图获得物种间基因的调控关系,得到两物种间的相互作用机制。研究互作过程中的调控网络、病原菌感染宿主致病机理和宿主抗病的机制;研究致病性菌在不同物种之间的进化关系、基于同源基因进一步发掘正选择相关基因等。互作转录组主要是针对解决病原体和宿主之间互作的问题。主要特征在于同时对宿主和病原体进行测序和分析,主要区分与之前的单独对宿主测序和分析,和单独对病原体测序和分析。当然两者同时测序和分析,主要是依赖于建库和测序技术的提升。 技术流程 技术优势 RNA总量:RNA总量≥2ug; RNA纯度:OD260/280在1.8-2.0之间,核酸完整无降解。 送样要求 RNA总量:RNA总量≥2ug; RNA纯度:OD260/280在1.8-2.0之间,核酸完整无降解。 分析示例 各样品reads 在unigene上覆盖情况的IGV 展示截图 表达量( FPKM scores )分布图 样品间聚类结果 差异基因可视化散点图及火山图 上下调差异基因GO注释柱形图 KEGG富集图 表达差异基因聚类图 WGCNA共表达网络分析 蛋白网络构建及分析(PPI) 宿主-病原菌互作模型(使用 FCM 方法对差异基因聚类图) 宿主病原体互作网络图 |