测试调用测试设计Survival生存曲线绘制软件环境微生物多样性软件转录组分析软件转录组软件购买重测序软件环境微生物多样性软件(1)桌面软件中药空间代谢组学检测中药非靶代谢组检测中药活性成分鉴定中药入血/入靶成分分析中药组学ATAC-seqCHIP-seqHi-C测序基因调控OmicsBeanMicrobe Trakr(微生物基因组鉴定分析工具)网页分析系统WEB分析系统澳洲血清 BovineBD科研管KAPAQIAGENThermoFisherMVE液氮罐4titude® 样品管标记系统Hi-C建库试剂盒及基因组组装软件无血清细胞冻存液Cell Freezing Medium纳米流式检测仪lexogen支原体检测试剂盒仪器试剂耗材数据库开发数据中心TCGA生存数据包功能医学报告系统开发PlantArray植物生理组平台特色服务单细胞测序空间转录组测序空间代谢组DSP空间蛋白质组空间多组学类器官叶绿体、线粒体基因组测序染色体级别基因组组装Hi-C建库基因芯片一代测序动植物基因组de novo测序细菌基因组测序真菌基因组测序病毒基因组测序简化基因组遗传图谱测序简化基因组GWAS测序基因组重测序表观组基因分型外显子捕获目标区域捕获简化基因组遗传图谱性状定位扫描图DNA中5-hmC图谱测定全基因组甲基化测序真菌基因组扫描图测序epiGBS-简化甲基化BSA混池测序基因组SSR开发基因组（DNA）UMI-RNAseq转录组测序真核有参转录组测序真核无参转录组测序原核链特异性转录组测序全转录组测序circRNA测序Lnc RNA测序Small RNA测序circRNA芯片表达谱芯片m6A甲基化测序互作转录组测序降解组测序UMI-RNAseqSLAM-seq测序（RNA代谢测序）转录组（RNA）PacBio全长扩增子测序（16S/ITS/18S全长）Meta-Barcoding（eDNA）技术研究微生物多样性二代测序（16S/ITS/18S全长）宏基因组测序宏基因组Binning分析宏基因组抗性基因测序HiC-Meta宏基因组宏转录组差异表达测序宏病毒组测序环境DNAHiFi-Meta宏基因组肠道菌群临床检测基于肠道菌群检测和移植的肠道微生态学科建设宏基因组元素循环测序微生物组蛋白组代谢组抗体芯片Raybiotech芯片蛋白芯片蛋白芯片中药代谢组ENGINE-生物标志物检测服务ENGINE-抗体特异性服务4D蛋白质组Raybiotech芯片OLINK精准蛋白质组学解决方案常规定量蛋白质组蛋白质组定性分析靶向蛋白质组学修饰蛋白质组学非靶向代谢组学靶向代谢组学脂质组学新一代代谢组学 NGM ProLenioBio无细胞蛋白表达系统ALAMAR超灵敏蛋白组学及蛋白标志物转化平台超高深度血液蛋白质组蛋白和代谢组GC-MS全代谢组LC-MS全代谢组靶向代谢组脂质组学代谢组学反向色谱柱原理的DNA/RNA提取技术分子生物学CRISPR基因编辑细胞定制细胞株构建iPS构建CRISPR/Cas9DNA甲基化修饰细胞FAQ基因编辑切片图像扫描组织芯片免疫组化微量基因组建库专家病理切片数字存档多色免疫荧光组织透明化技术服务病理形态学数据陪护扩增子时序分析基因突变体克隆动物中心小动物疾病模型构建和检测服务基因编辑小鼠动物实验支原体污染检测服务细胞系遗传背景鉴定细胞系鉴定外泌体全转录组测序外泌体分离与鉴定PBA单外泌体邻近编码技术PBA单外泌体蛋白质组学分析服务PBA单外泌体蛋白组样本指南PBA外泌体免疫相关文献外泌体专题甲基化APOBEC偶联甲基化测序ACE-seq焦磷酸测序cfDNA甲基化测序DNA甲基化测序850K甲基化芯片935K甲基化芯片全基因组甲基化测序（WGBS）简化基因组甲基化测序 (RRBS)目标区域甲基化测序 (Targeted Bisulfite Sequencing)甲基化DNA免疫沉淀测序 (MeDIP-seq)氧化-重亚硫酸盐测序 (oxBS-seq)TET-重亚硫酸盐测序(TAB-seq)5hmC-Seal，超高灵敏度的羟甲基化检测羟甲基化免疫共沉淀测序 (hMeDIP-seq)DNA 6mA免疫沉淀测序 (6mA-IP Seq)甲基化专题RNA修饰研究专题免疫印迹(Western-blot)技术服务定量Western检测Simoa单分子免疫分析qPCRCNVSNPPGM测序PCR array数字PCR精准检测ATAC-SeqChIP-SeqRIP-Seq基因调控Ribo-seq核糖体印迹测序技术Active Ribo-seq活跃翻译组测序技术翻译组数据分析数据库构建数据价值提升10x官方发布样本准备样本要求样本取材以及样本编号技巧精简版细胞库组织库动物模型蛋白组代谢组Hi-C单细胞与空间转录组单细胞悬液外泌体Raybiotech蛋白芯片Simoa样本准备PBA单外泌体样本准备样本准备要求表单留言板SaaS 帮助搜索Mac谷歌浏览器2019国自然基金查询生信相关工具集合数据分析项目信息单提交资料分享核酸抽提产品资料转录组软件教学视频微生物多样性软件教学视频Lexogen产品培训视频Olink精准蛋白组学专题在线学习项目进度个人中心会员登录会员注册购物车联系我们公众号手机商城公司愿景知识分享文献展示
当前位置
meRIP-seq m6A检测
SELECT-m6A修饰定量检测
Ribo-seq 翻译组测序
ONT Direct RNA全长转录组测序

m6A是一种常见的RNA甲基化修饰方式，研究表明它在调控基因表达、剪接、RNA 编辑、RNA 稳定性、控制mRNA寿命和降解、介导环状RNA翻译等方面扮演重要角色。最新开发微量meRIP-seq技术，通过技术优化，500 ng~20 μg 总RNA即可满足实验要求。利用最新的去rRNA技术，可以同时检测mRNA及lncRNA的甲基化修饰谱，帮助研究人员对RNA转录后甲基化修饰图谱进行全面研究，是表观转录组学研究的关键技术。



技术优势



1. 样本要求低，500 ng~20 μg总RNA即可

2. 同时适用于细胞株和临床样本的检测

3. 全面覆盖mRNA、lncRNA、circRNA的m6A修饰


样本类型



1. 总RNA，500 ng~20 μg

2. 细胞，数量为5x106~107

3. 组织，质量为10~20 mg

**人、大小鼠，其他物种需评估

实测数据

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图1. Peaks结构百分比图


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图2. m6A修饰位点富集于终止密码子区域


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图3. motif分析结果


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图4. 某特定基因的m6A修饰区域


生物信息分析内容

基本分析内容

1、 原始数据过滤及质控
2、参考基因组比对
3、Reads在染色体上的分布
4、Peak Calling 分析
5、Peak 可视化
6、Peak 统计分析
7、m6A 的基本特征
    7.1 peak 在基因元件的分布
    7.2 reads 在基因元件的分布
    7.3 Peak 关联基因的特征
8、差异peak 分析

9、差异peak关联基因GO，KEGG分析
10、motif分析

高级分析内容
11. RNA-seq表达差异与m6A修饰差异关联分析

12. RNA可变剪切与m6A修饰差异关联分析

13. 翻译组RIBO-seq翻译差异与m6A修饰差异关联分析

什么是SELECT？



2018年10月，北京大学化学与分子工程学院贾桂芳课题组在《Angew. Chem. Int. Ed. （德国应用化学）》杂志报道了一种快捷检测RNA中N6-甲基腺嘌呤（N6-methyladenosine，m6A）的新方法。


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北大贾桂芳课题组发布SELECT技术成果

目前报道的检测方法中只有SCARLET方法能够实现单mRNA和lncRNA中m6A单碱基分辨率的检测，但该方法操作复杂耗时，需要较大剂量的放射性同位素标记，难以广泛应用。北京大学化学学院贾桂芳课题组开发了SELECT方法——single-base elongation-and ligation-based qPCR amplification method，即单碱基延长和连接的qPCR 扩增技术，原理如下图所示：

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SELECT技术原理图

该方法简单快捷，用时只需三小时，能够实现低丰度转录本中m6A单碱基分辨率的检测。该方法基于m6A修饰的两点特性：（i）能够阻碍DNA聚合酶在反转录过程的单碱基延伸；（ii）能够降低缺口连接酶的连接效率。SELECT方法采用荧光定量PCR的方法进行定量。

对比SELECT与meRIP-qPCR



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如何应用SELECT？



结合方法优化，SELECT方法有以下3个应用实例：

（i）在生物学样本总RNA或总mRNA中检测mRNA或lncRNA上单位点是否含有m6A修饰；
（ii）检测生物学样本中特定m6A位点的修饰比例；
（iii）鉴定m6A甲基转移酶或去甲基酶的生理作用靶点。

SELECT方法不仅简化了生物学样品中m6A修饰的检测过程，实现低丰度RNA中m6A单碱基分辨率的检测，还能够应用于其他RNA化学修饰的检测中，例如N1-甲基腺嘌呤（N1-methyladenosine，m1A）和2’-O-甲基化修饰（2’-O-methylation，Nm)等。

应用示例：

1. 检测RNA目标位点是否存在m6A修饰；

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qPCR扩增曲线和CT值柱形图显示，HeLa细胞lncRNA MALAT1 （e）以及HEK293T细胞mRNA H1F0（f）的m6A位点和非m6A位点


2. m6A对特定位点的m6A修饰丰度进行绝对定量

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利用系列浓度梯度的已知m6A成分标准品制作标准曲线，然后对特定位点上的m6A修饰成分进行定量


3. 鉴定m6A修饰相关蛋白（甲基化酶、去甲基化酶、识别蛋白等）的作用靶点

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SELECT分析lncRNA MALAT1和以及METTL3+/- 细胞（对照组）的m6A2515 和A2511（input 对照）位点，荧光扩增曲线和qPCR CT 值柱状图显示lncRNA MALAT1 的2515 位点是METTL3 的一个靶点



多款SELECT检测试剂盒以及SELECT检测技术服务，填补市场上特定位点m6A常规检测技术的空白，协助研究者鉴定m6A相关蛋白的作用靶点，深入挖掘m6A修饰的作用机制，有望为RNA m6A修饰分子标志物的发现带来新突破。

项目简介：

Ribo-seq（Ribosome profiling或Ribosome sequencing）即核糖体印迹测序技术，系由Weissman课题组于2009年首次发表的翻译组学研究技术。利用Ribo-seq，研究者能从基因组水平检测蛋白质的翻译状况，获得全面的、高质量的蛋白质翻译速度情况，了解蛋白质表达情况及其丰度，还能直接对翻译过程进行研究。

技术原理：

利用核酸酶降解没有核糖体覆盖的mRNA片段，高通量测序获得ribosome footprints，及核糖体分布的位置信息。而footprints密度越高的位点，表明翻译延长速率越慢。

技术应用：

联合longRNA-seq，研究转录本上正在进行的翻译情况，深入了解基因调控最重要层面：

1、了解转录本上的核糖体分布、翻译活性

2、推测翻译起始位点、ORF位置

3、确定蛋白翻译效率

4、探究翻译调控和基因表达情况

5、鉴定新蛋白/新短肽

送样要求：

样本物种：**人、大小鼠、其他物种需评估

样本类型：

1、细胞：大于等于1*10的7次方个细胞/样本

2、组织：大于等于50mg/样本

样品分组：

1、常规要求至少2组样品，包括对照组和和实验组（临床样本为正常人组和患者组）

2、每个样品均进行Ribo-seq和longRNA-seq

3、样本数建议：3 VS 3

真核基因通常产生多种RNA异构体（isoform），可以产生功能上不同的蛋白质变体。传统二代测序实际上是一种短读长RNA-seq，难以获得完整的转录本，无法体现异构体的多样性。

ONT Direct RNA全长转录组测序服务，基于Oxford Nanopore公司的纳米孔测序平台，直接对RNA进行测序，具有长读长的优势，提高对异构体的检测，还能直接检测m6A、m5C等核酸修饰，在可变剪切研究方面具有独特的优势。一次测序，即可满足多项表观遗传转录组研究需求，大大提升研究的高度、深度、准确性、效率，尤其适用于多组学分子机制及珍贵的临床样本研究。

技术应用

1. 对单个RNA分子进行单分子水平的全长测序

2. 识别更长的转录本，研究转录异构体

3. 绘制转录组上的m6A修饰图谱，分辨率可达到单位点

4. 检测RNA可变剪切的情况

技术优势

1. 作为长读长测序技术，能减少短读长测序打断后重新拼接带来的歧义，结果准确度更高、更可信；

2. 能够直接对RNA进行测序，避免逆转录和PCR扩增导致的RNA修饰信息缺失；

3. 可以直接检测m6A等碱基修饰，配合优化的算法，获得无损的m6A单碱基分辨率图谱；

4. 一次测序，多套数据：转录组图谱、m6A修饰图谱、异构体、可变剪切情况，节省珍贵的临床样本，节省样本准备时间和精力，且保持了样本的统一性。

送样要求

总RNA：＞20ug

细胞数量：1x107

分析流程

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分析内容

一、isoform分析

1. 可变剪切分析

2. 融合基因鉴定

3. SSR分析

4. LncRNA分析

5. PolyA分析

二、表达定量

1. 转录本定量

2. 转录本差异分析

3. 富集分析

4. 蛋白质互作网络

三、甲基化修饰分析

1. m5C位点注释

2. m6A位点注释

3. 甲基化修饰富集分析

4. m5C差异分析

5. m6A差异分析

四、isoform联合定量表达分析

1. AltTP分析

2. 功能多样性分析（FDA）

3. 差异富集分析

实测数据

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图1. isoform差异热图


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图2. isoform显著差异火山图

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图3. m6A在RNA结构上的分布饼图



案例解读：RNA直接测序应用于鉴定内源转录本异构体的m6A修饰[1]

为了将RNA直接测序应用于单位点分辨率的RNA修饰从头测序，研究员研发了利用纳米孔RNA直接测序的m6A鉴定软件（MINES），对HEK293T细胞转录本进行了分析，鉴定超过13,000个之前未注释的DRACH位点的m6A甲基化状态；还在人乳腺上皮细胞（包括异构体）中鉴定得40,000个位点，这些位点分别对m6A writer、METTL3、eraser、ALKBH5敏感。以上数据表明，纳米孔RNA直接测序鉴定m6A修饰的效果优异。

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纳米孔测序能从DRACH motif中检测出m6A修饰


参考文献：

[1] DANIEL A. LORENZ, et al. Direct RNA sequencing enablesm6A detection in endogenous transcript isoforms at base-specific resolution. RNA(2020) 26:19–28.