单细胞RNA测序 1.1 SMART-seq 2012 年,由美国和瑞典的科学家共同开发了称为 Smart-Seq(Switching mechanism at 5’end of the RNA transcript)的技术 。在 2013 年,Nature Methods 杂志上报告了新的方案,被称为 Smart-Seq2,随后在 2014 年他们有公布了详细的操作流程 。获取单细胞并裂解细胞后,含有 oligo-dT 的引物与 mRNA 的 poly- A 结合,逆转录酶 MMLV 进行逆转录,逆转录酶到达 mRNA 5’末端时,MMLV 的末端转移酶活性会在一链 cDNA 的 3'末端增加额外的胞嘧啶,这时 TSO 引物 3' 末端的 rGrG+ G 结合到**链末端的胞嘧啶,然后以**链 cDNA 为模版进行延伸合成互补的第二链,全长 cDNA 经过 PCR 扩增后进一步进行测序文库的构建。 SMART-seq2 技术原理 技术优势
样本要求
1.2 10X Genomics 2016年2月,10x genomic公司推出Single Cell Gene Expression Solution平台,可对高通量的数字基因表达的复杂细胞群进行深入分析,生命科学研究进入了单细胞生物学时代。 10 x Chromium Single Cell Gene Expression Solution 原理 基于10x genomics平台,利用微流控技术进行单个细胞分选,将带有条形码和引物的凝胶珠和单个细胞包裹在油滴中;在每个油滴内,凝胶珠溶解,细胞裂解释放mRNA,通过逆转录产生用于测序的带条形码的cDNA;液体油层破坏后,cDNA后续进行文库构建,使用Illumina测序平台对文库进行测序检测,即可一次性获得大量单细胞的基因表达数据,10min内自动完成多至80,000个细胞的捕获,从而达到在单细胞水平进行表达测序的目的。 10 x Chromium Single Cell Gene Expression Solution技术原理 技术优势 与其他高通量捕获平台相比,一次实验可完成多至80,000个细胞的捕获,通量最高,周期快速,成本最低;细胞捕获效率高,单个样本细胞捕获率高达65%;商业化仪器操作简便。 应用方向 10 x Chromium Single Cell Gene Expression Solution能有效地解决组织样本无法破解的细胞异质性难题,有助于发现新的细胞类型;基于大量的单细胞基因表达数据,该平台还可进行细胞表达特征聚类、亚群表达特征、标志物筛选等方面的分析,是一种高效的细胞基因表达水平的检测技术,在发育与生殖、免疫、干细胞分化、肿瘤异质性、神经系统发育以及脑发育等研究领域中有着广泛的应用和研究结果发表。 样本要求 · 细胞数量与浓度:细胞起始数量大于1x105;浓度 5x105-1.2x106 /ml; · 细胞活性:活细胞数量在90%以上; · 细胞大小:细胞直径小于40 μm; · 组织需要解离成单细胞悬液; · 植物细胞需要制成原生质体; · 细胞培养基及缓冲液不能含有Ca2+和Mg2+等影响酶活性的物质。 1.3 BD Rhapsody BD公司推出的这款Rhapsod™单细胞分析系统采用了分子标签技术,能为单细胞中每个转录本标记特异性分子标签,实现单细胞水平上基因表达谱的绝对定量。同时,每个细胞也会被标记特异性细胞标签,使得高通量平行建库成为可能。结合Rhapsody特有的单细胞分离技术,单次实验可制备100-10000个单细胞文库,用户可根据需求定制引物,将检测范围集中在目标基因,大幅降低后续测序成本。 BD Rhapsod™单细胞分析系统 技术优势
● 类型: 新鲜组织,原代细胞,细胞系等。 ● 来源: 血液提取、磁珠富集、流式富集、组织解离等。 应用领域:
1、肿瘤研究:从单细胞角度了解肿瘤异质性、肿瘤和免疫微环境、生物标志物发现和疗法开发背后的复杂生物学机制,从而解决癌症相关问题。
2022-06-10
海洋生物样本的单细胞测序理论上可以做,但成功率一直很低,因为海洋生物细胞的多种特性制约了单细胞测序实验的正常进行。通过比较目前***的两个商业化单细胞研究平台BD Rhapsody和10X Genomics,我们的结论是BD Rhapsody平台更适合进行海洋生物单细胞测序的研究。01BD平台开展海洋生物单细胞研究的优势盐离子浓度、金属离子浓度以及其它干扰物质10x Genomics平台是将...
2022-03-09
单细胞检测技术的发展将生命科学研究推向了一个全新的维度。基于单细胞技术,我们对生命体的理解,对疾病组织的了解上升到了最基本的单元—细胞。通过对组织中的各类细胞的基因特征检测与分析,增进了我们对细胞的本身特性及细胞与细胞之间互作关系的理解。正是基于单细胞检测技术在各类疾病中的研究运用,使得我们对疾病的发生发展和抗药等的了解更加深入,更加明确,也更能找到最核心、影响**的某类细胞和基因。可以说,...
2021-03-05
CD24 signalling through macrophage Siglec-10 is a target for cancer immunotherapy Nature. Author manuscript; available ...
2021-03-05
今天要给大家分享的这篇文章是今年9月底发表在Aging-US(IF=4.831)上的一篇纯生信分析文章(“Glioblastoma cell differentiation trajectory predicts theimmunother...
2020-09-09
Integrated analysis of single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq unravels tumour heterogeneity plus M2-like tumour-associated...
2020-08-26
Immune cell profiling of COVID-19 patients in the recovery stage by single-cell sequencing6.255Cell Discov . 2020 May 4;...
2020-08-17
Single-cell transcriptomics reveals regulators underlying immune cell diversity and immune subtypes associated with prog...
2020-07-07
A Single-Cell Landscape of High-Grade Serous Ovarian Cancer36.13Nat Med . 2020 Jun 22. doi: 10.1038/s41591-020-0926-0. O...
2020-06-19
scSLAM-seq Reveals Core Features of Transcription Dynamics in Single Cells43.07Nature . 2019 Jul;571(7765):419-423. doi:...
2020-06-02
A Spatiotemporal Organ-Wide Gene Expression and Cell Atlas of the Developing Human Heart36.216Cell . 2019 Dec 12;179(7):...
2020-05-29
单细胞RNA测序技术的高通量和敏感性使其非常适合于全面绘制细胞状态的变化。但是在肾脏和其他固体组织中(尤其是对于高上皮含量的组织,以及以细胞外基质为特征的固体组织),单细胞RNA测序研究的一个大的挑战是如何获得高质量的单细胞悬浮液,高质量的...
2020-05-29
前言单细胞测序技术已经成为科研人员强有力的研究工具。目前能够进行单细胞测序分析的实验方法类型众多。有基于液滴分离的方法,有基于流式细胞术分选的方法。这些方法的数据质量如何,它们各自有什么优缺点,本文进行了系统性的比较。基本信息文章题目:Sy...
2020-05-29
Systematic comparison of Highthroughput Single-cell and Singlenucleus transcriptomes during Cardiomyocyte Differentiatio...
2020-04-08
单细胞测序喜讯:按照公司提供的组织冷冻保存流程,保存一个月的冰冻组织样本,邮寄到公司进行单细胞解离,细胞活性达到90%以上!这样对于有些临床样本,需要先知道病理结果后,才能进行单细胞测序的样本,是个很好的保存方法!扫描下面二维码索取prot...
2020-03-18
10X高通量单细胞转录组测序技术再发高分文章!2020年2月20日,**期刊《Cell》报道了利用高通量单细胞测序绘制小鼠ECs图谱的文章。该篇文章深度解析了小鼠11个组织ECs的异质性特征,共鉴定得到78个ECs亚型,所有分群结果均可在在... |