• 项目简介 Ribo-seq (Ribosome profiling),即核糖体印迹测序技术,系由 Weissman 课题组于 2009 年首次发表的翻译组学研究技术[1]。利用 Ribo-seq,研究者能从基因组水平检测蛋白质的翻译状况,获得全面的、高质量的蛋白质翻译速度情况,了解蛋白质表达情况及其丰度,还能直接对翻译过程进行研究。 • 技术原理 Ribo-seq 检测翻译延长速率的原理[2] • 技术应用 • 送样要求 样本类型: 1. 细胞,≥ 1×107 个细胞 / 样本 2. 组织,≥ 50mg/ 样本 样本物种:**人、大小鼠,其他物种需评估 • 样品分组 • 分析内容 Ribo-seq 组基本分析 对照 longRNA-seq 分析 1. 数据质控 2. 基因比对与统计 3. mRNA 差异表达分析 4. lncRNA 差异表达分析 5. 差异基因 GO 分析 6. 差异基因 KEGG 分析 7. circRNA 差异表达分析 • 实测数据 图 1. Ribo-seq 比对到基因组的 read 的长度分布情况 图 2. P-site 信号在 5'UTR、CDS、3'UTR 区间的分布 图 3. Ribo-seq 呈现典型的周期性 3-nt 分布 图 4. 不同密码子使用频率分析 • 客户文章 Cancer Cell:m6A甲基化“阅读器”IGF2BP2塑造AML谷氨酰胺代谢依赖性展[3]此研究发现IGF2BP2作为m6A的阅读器通过调控下游基因GPT2、SLC1A5和MYC的mRNA稳定性和翻译从而促进急性髓性白血病(AML)的谷氨酰胺代谢过程,在AML的发生、发展、维持及干性中发挥了重要作用,并进一步开发以IGF2BP2为药物靶点的小分子抑制剂(CWI1-2),为AML的治疗提供新的靶点和策略。 此研究发现 circMYBL2 在 FLT3-ITD 突变型 AML 患者中的表达水平更高;在体外和体内实验中,敲降 circMYBL2 可抑制 FLT3-ITD AML 细胞的增殖,并促进其分化。在机制上,circMYBL2 可通过增加 PTBP1 与 FLT3 mRNA 的结合,提高FLT3 激酶的翻译效率。敲降 circMYBL2 可破坏对抑制剂耐药的 FLT3- ITD 阳性细胞的细胞活性,显著降低 FLT3 激酶的表达水平,进而使下游通路失活。本研究提示 circMYBL2 或可成为 FLT3-ITD AML 的潜在治疗靶点。 图6. D. Ribo-seq 结果显示,circMYBL2 敲降后,MOLM-13 细胞基因的核糖体占位(翻译效率)发生变化;E. 敲降 circMYBL2 后,Ribo-seq 显示 FLT3 mRNA 的翻译效率下降。 • 参考文献 [1] Ingolia NT, Ghaemmaghami S, Newman JR, et al. Genome-wide analysis in vivo of translation with nucleo- tideresolution using ribosome profiling. Science, 2009, 324(5924): 218-223 [2] Gobet C, Naef F. Ribosome profiling and dynamic regulation of translation in mammals. Curr Opin Genet Dev. 2017Apr;43:120-127. [4] Sun YM, Wang WT, Zeng ZC, et al. circMYBL2, a circRNA from MYBL2, regulates FLT3 translation by recruiting PTBP1to promote FLT3-ITD AML progression. Blood. 2019 Oct 31;134(18):1533-1546.](客户文章) [5] ChenH, Gao S, Liu W,et al. RNA N-Methyladenosine Methyltransferase METTL3 Facilitates Colorectal Cancer by Activating the mA-GLUT1-mTORC1 Axis and Is a Therapeutic Target. Gastroenterology 2021 03;160(4). (客户文章) [6] Wei R, Cui X, Min J, et al. NAT10 promotes cell proliferation by acetylating CEP170 mRNA to enhance translation efficiency in multiple myeloma. Acta Pharm Sin B. 2022 Aug; 12(8): 3313–3325. (客户文章) |