快递查询
测试调用测试设计Survival生存曲线绘制软件环境微生物多样性软件转录组分析软件转录组软件购买重测序软件环境微生物多样性软件(1)桌面软件中药空间代谢组学检测中药非靶代谢组检测中药入血/入靶成分分析中药成分鉴定检测中药组学ATAC-seqCHIP-seqHi-C测序基因调控OmicsBeanMicrobe Trakr(微生物基因组鉴定分析工具)网页分析系统WEB分析系统澳洲血清 BovineBD科研管KAPAQIAGENThermoFisherMVE液氮罐4titude® 样品管标记系统Hi-C建库试剂盒及基因组组装软件无血清细胞冻存液Cell Freezing Medium纳米流式检测仪lexogen支原体检测试剂盒仪器试剂耗材数据库开发数据中心TCGA生存数据包功能医学报告系统开发PlantArray植物生理组平台特色服务单细胞测序空间代谢组DSP空间蛋白质组Visium空间转录组测序空间多组学类器官基因芯片染色体级别基因组组装Hi-C建库叶绿体、线粒体基因组测序一代测序动植物基因组de novo测序细菌基因组测序真菌基因组测序病毒基因组测序简化基因组遗传图谱测序简化基因组GWAS测序基因组重测序表观组基因分型外显子捕获目标区域捕获简化基因组遗传图谱性状定位扫描图DNA中5-hmC图谱测定全基因组甲基化测序真菌基因组扫描图测序epiGBS-简化甲基化BSA混池测序基因组SSR开发基因组(DNA)UMI-RNAseq转录组测序真核有参转录组测序真核无参转录组测序原核链特异性转录组测序全转录组测序 降解组表达谱芯片circRNA芯片circRNA测序Small RNA测序Lnc RNA测序m6A甲基化测序互作转录组测序UMI-RNAseq转录组(RNA)16S扩增子全长测序Meta-Barcoding(eDNA)技术研究微生物多样性测序宏基因组测序宏基因组Binning分析宏基因组抗性基因测序HiC-Meta宏基因组宏转录组差异表达测序宏病毒组测序环境DNAHiFi-Meta宏基因组肠道菌群临床检测基于肠道菌群检测和移植的肠道微生态学科建设宏基因组元素循环测序微生物组蛋白组代谢组抗体芯片Raybiotech芯片蛋白芯片蛋白芯片ENGINE-生物标志物检测服务ENGINE-抗体特异性服务4D蛋白质组Raybiotech芯片OLINK精准蛋白质组学解决方案常规定量蛋白质组蛋白质组定性分析靶向蛋白质组学修饰蛋白质组学非靶向代谢组学靶向代谢组学脂质组学新一代代谢组学 NGM ProLenioBio无细胞蛋白表达系统蛋白和代谢组GC-MS全代谢组LC-MS全代谢组靶向代谢组脂质组学代谢组学反向色谱柱原理的DNA/RNA提取技术分子生物学CRISPR基因编辑细胞定制细胞株构建iPS构建CRISPR/Cas9DNA甲基化修饰细胞FAQ基因编辑切片图像扫描组织芯片免疫组化微量基因组建库专家病理切片数字存档多色免疫荧光组织透明化技术服务病理形态学数据陪护扩增子时序分析基因突变体克隆动物中心小动物疾病模型构建和检测服务基因编辑小鼠动物实验支原体污染检测服务细胞系遗传背景鉴定细胞系鉴定外泌体全转录组测序外泌体分离与鉴定单外泌体邻近编码技术单外泌体蛋白质组学分析服务外泌体专题甲基化焦磷酸测序cfDNA甲基化测序DNA甲基化测序850K甲基化芯片935K甲基化芯片全基因组甲基化测序(WGBS)简化基因组甲基化测序 (RRBS)目标区域甲基化测序 (Targeted Bisulfite Sequencing)甲基化DNA免疫沉淀测序 (MeDIP-seq)氧化-重亚硫酸盐测序 (oxBS-seq)TET-重亚硫酸盐测序(TAB-seq)5hmC-Seal,超高灵敏度的羟甲基化检测羟甲基化免疫共沉淀测序 (hMeDIP-seq)DNA 6mA免疫沉淀测序 (6mA-IP Seq)甲基化专题RNA修饰研究专题免疫印迹(Western-blot)技术服务定量Western检测Simoa单分子免疫分析qPCRCNVSNPPGM测序PCR array数字PCR精准检测ATAC-SeqChIP-SeqRIP-Seq基因调控Ribo-seq核糖体印迹测序技术Active Ribo-seq活跃翻译组测序技术翻译组10x官方发布样本准备样本要求样本取材以及样本编号技巧精简版细胞库组织库动物模型蛋白组代谢组Hi-C单细胞与空间转录组单细胞悬液外泌体Raybiotech蛋白芯片Simoa样本准备样本准备要求表单留言板SaaS 帮助搜索Mac谷歌浏览器2019国自然基金查询生信相关工具集合数据分析项目信息单提交资料分享核酸抽提产品资料转录组软件教学视频微生物多样性软件教学视频Lexogen产品培训视频Olink精准蛋白组学专题项目进度个人中心会员登录会员注册购物车联系我们公众号手机商城公司愿景知识分享
当前位置
Ribo-seq核糖体印迹测序技术

• 项目简介

Ribo-seq (Ribosome profiling),即核糖体印迹测序技术,系由 Weissman 课题组于 2009 年首次发表的翻译组学研究技术[1]。利用 Ribo-seq,研究者能从基因组水平检测蛋白质的翻译状况,获得全面的、高质量的蛋白质翻译速度情况,了解蛋白质表达情况及其丰度,还能直接对翻译过程进行研究。

• 技术原理

利用核酸酶降解没有核糖体覆盖的 mRNA 片段,高通量测序获得 ribosome footprints,及核糖体分布的位置信息。而 footprints 密度越高的位点,表明翻译延长速率越慢。
Ribo-seq 技术流程[2]

Ribo-seq 检测翻译延长速率的原理[2]

• 技术应用

联合 longRNA-seq,研究转录本上正在进行的翻译情况,深入了解基因调控最重要层面:
1. 了解转录本上的核糖体分布、翻译活性
2. 推测翻译起始位点、ORF 位置
3. 确定蛋白翻译效率
4. 探究翻译调控和基因表达情况
5. 鉴定新蛋白 / 新短肽

• 送样要求

样本类型:

1. 细胞,≥ 1×107 个细胞 / 样本

2. 组织,≥ 50mg/ 样本

样本物种:**人、大小鼠,其他物种需评估


• 样品分组

1. 常规要求至少 2 组样品,包括对照组和实验组(临床样本为正常人组和患者组)
2. 每个样品均进行 Ribo-seq 和 longRNA-seq
3. 样本数建议:3 VS 3


• 分析内容

Ribo-seq 组基本分析

1. 全基因组翻译活性分析
2. 基因翻译效率计算
3. 差异翻译效率基因分析
4. 差异翻译效率基因 GO 分析
5. 差异翻译效率基因 KEGG 分析
6. 起始密码子预测(包括非 ATG 起始)
7. ORF(开放阅读框)位置预测
8. 新蛋白 / 新短肽鉴定
9. 密码子使用频率差异分析
10. lncRNA / circRNA 编码能力预测


对照 longRNA-seq 分析

1. 数据质控

2. 基因比对与统计

3. mRNA 差异表达分析

4. lncRNA 差异表达分析

5. 差异基因 GO 分析

6. 差异基因 KEGG 分析

7. circRNA 差异表达分析


• 实测数据

图 1. Ribo-seq 比对到基因组的 read 的长度分布情况

图 2. P-site 信号在 5'UTR、CDS、3'UTR 区间的分布   

图 3. Ribo-seq 呈现典型的周期性 3-nt 分布

图 4. 不同密码子使用频率分析

客户文章

Cancer Cell:m6A甲基化“阅读器”IGF2BP2塑造AML谷氨酰胺代谢依赖性[3]

此研究发现IGF2BP2作为m6A的阅读器通过调控下游基因GPT2、SLC1A5和MYC的mRNA稳定性和翻译从而促进急性髓性白血病(AML)的谷氨酰胺代谢过程,在AML的发生、发展、维持及干性中发挥了重要作用,并进一步开发以IGF2BP2为药物靶点的小分子抑制剂(CWI1-2),为AML的治疗提供新的靶点和策略。

图5. 利用Ribo-seq发现IGF2BP2敲减导致全局翻译效率下降
Blood:circMYBL2 通过募集 PTBP1 调控 FLT3 翻译,促进 FLT3-ITD 型急性髓系白血病进展[4]

此研究发现 circMYBL2 在 FLT3-ITD 突变型 AML 患者中的表达水平更高;在体外和体内实验中,敲降 circMYBL2 可抑制 FLT3-ITD AML 细胞的增殖,并促进其分化。在机制上,circMYBL2 可通过增加 PTBP1 与 FLT3 mRNA 的结合,提高FLT3 激酶的翻译效率。敲降 circMYBL2 可破坏对抑制剂耐药的 FLT3- ITD 阳性细胞的细胞活性,显著降低 FLT3 激酶的表达水平,进而使下游通路失活。本研究提示 circMYBL2 或可成为 FLT3-ITD AML 的潜在治疗靶点。

图6. D. Ribo-seq 结果显示,circMYBL2 敲降后,MOLM-13 细胞基因的核糖体占位(翻译效率)发生变化;E. 敲降 circMYBL2 后,Ribo-seq 显示 FLT3 mRNA 的翻译效率下降。

参考文献

[1] Ingolia NT, Ghaemmaghami S, Newman JR, et al. Genome-wide analysis in vivo of translation with nucleo- tideresolution using ribosome profiling. Science, 2009, 324(5924): 218-223

[2] Gobet C, Naef F. Ribosome profiling and dynamic regulation of translation in mammals. Curr Opin Genet Dev. 2017Apr;43:120-127.

[3] Weng H,   Huang F,   Yu Z,et al. The mA reader IGF2BP2 regulates glutamine metabolism and represents a therapeutic target in acute myeloid leukemia.Cancer Cell 2022 Oct 26 (客户文章)

[4] Sun YM, Wang WT, Zeng ZC, et al. circMYBL2, a circRNA from MYBL2, regulates FLT3 translation by recruiting PTBP1to promote FLT3-ITD AML progression. Blood. 2019 Oct 31;134(18):1533-1546.](客户文章)

[5] ChenH,   Gao S,   Liu W,et al. RNA N-Methyladenosine Methyltransferase METTL3 Facilitates Colorectal Cancer by Activating the mA-GLUT1-mTORC1 Axis and Is a Therapeutic Target. Gastroenterology 2021 03;160(4). (客户文章)

[6] Wei R, Cui X, Min J, et al. NAT10 promotes cell proliferation by acetylating CEP170 mRNA to enhance translation efficiency in multiple myeloma. Acta Pharm Sin B. 2022 Aug; 12(8): 3313–3325. (客户文章)