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2026-04-22
背景简介细胞外囊泡(EV)因其稳定结构、跨组织屏障能力以及在血浆、尿液等体液中的丰富分布,被视为无创诊断和精准医疗的重要载体。然而EV高度异质,传统分析往往混合全部囊泡测定,导致稀有亚群信号被稀释。近年来,邻近编码分析技术(PBA)、纳米流式细胞术(nFCM)、纳米颗粒追踪分析(NTA)、随机光学重构显微镜(STORM)、单分子定位显微镜(SMLM)等技术,使单个EV分析成为可能,显著提高灵...
2025-03-31
结构变异(Structural variation,SVs)和基因拷贝数变异(gene copy number variations,gCNVs)是动植物中主要的遗传变异来源,对于作物进化、驯化和改良具有重要贡献。全面准确地鉴定和分析SV和gCNV对挖掘优异等位基因、保障水稻粮食安全具有重要意义。 四川农业大学研究人员合作于2021年发表于《Cell》期刊“Pan-genom...
2025-03-31
癌症研究一直是生命科学领域中的重中之重。近年来,RNA转录水平的调控机制成为癌症研究的重要方向,影响着转录组多样性和蛋白质组的构成,与人体的生理和疾病状态息息相关。今天为大家介绍一款对癌症研究有重大帮助的数据库-FLIbase数据库。这一数据库由我们助力复旦大学何祥火课题组开发。2023年,该数据库发表于Nucleic Acids Research期刊上,整合了长读长和短读长RNA测序数据,...
2025-03-26
项目名称:GepLiver:跨越发育阶段和肝病阶段的综合肝脏表达图谱链接地址:www.gepliver.org项目描述:GepLiver可用于探索肝脏表型中基因和细胞类型的表达模式和转录组特征的演变,协助肝脏转录组动态的研究,并为肝脏疾病的生物标志物和靶点提供信息。合作单位:复旦大学上海肿瘤中心Cite:GepLiver: an integrative liver expression at...
2025-03-04
我们之前也对外泌体做过介绍,外泌体是由大多数细胞都可以分泌的纳米级的内吞囊泡,含有大量不同类型的RNA,可以调节受体细胞的行为,并可作为疾病的循环生物标志物。今天为大家介绍一个人类血液外泌体circRNA、lncRNA和mRNA的数据库——exoRBase。这篇文章中,作者介绍了其团队开发了的web可访问的数据库exoRBase,这是一个人类血液外泌体的RNA-seq数据分析的circRNA...
2025-03-04
2020年11月,于Nucleic Acids Research杂志发表题为“RJunBase: a database of RNA splice junctions in human normal and cancerous tissues”文章,介绍整合了人类所有组织中RNA剪切位点数据库——RJunBase。剪接是多外显子基因RNA加工的重要步骤,能够将内含子从前体RNA中去除,从...
2020-09-18
FerrDb铁死亡相关的标志物和调控因子以及铁死亡关联疾病的数据库正文内容:铁死亡(Ferroptosis)是一种铁依赖性的调节性细胞死亡方式,是区别于细胞凋亡、细胞坏死、细胞自噬的新型的细胞程序性死亡方式。铁死亡的过程很复杂,由多种代谢物...
2020-09-16
EPD in 2020: enhanced data visualization and extension to ncRNA promoters11.501Nucleic Acids Res . 2020 Jan 8;48(D1):D65...
2020-09-09
A Comprehensive Online Database for Exploring ∼20,000 Public Arabidopsis RNA-Seq Libraries12.084Mol Plant . 2020 Aug 5;S...
2020-09-02
COG是Clusters of Orthologous Groups of proteins的缩写(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/)。COG是在对已完成基因组测序的物种的蛋白质序列进行相互比较的基础上构建的...
2020-08-19
Pfam: the protein families database11.501Nucleic Acids Res . 2014 Jan;42(Database issue):D222-30. doi: 10.1093/nar/gkt12...
2020-08-12
KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,京都基因与基因组百科全书)是一个整合了基因组、化学和系统功能信息的综合性数据库,旨在揭示生命现象的遗传物质与化学蓝图。它是由日本京都大学生物信息学中心...
2020-08-05
The antiSMASH database version 2: a comprehensive resource on secondary metabolite biosynthetic gene clusters11.501Nucle...
2020-07-29
HRGFish: A database of hypoxia responsive genes in fishes3.998Sci Rep . 2017 Feb 13;7:42346. doi: 10.1038/srep42346.Abst...
2020-07-15
碳水化合物亦称糖类化合物,是自然界存在最多、分布最广的一类重要有机化合物,是一切生物体维持生命活动所需能量的主要来源。作用于各种糖复合物、寡糖和多糖等碳水化合物的酶类构成了地球上结构最多样的蛋白质集合。碳水化合物活性酶数据库(CAZymes...
2020-07-13
LnCeVar: a comprehensive database of genomic variations that disturb ceRNA network regulation11.501Nucleic Acids Res . 2...
2020-07-13
Bovine Genome Database: new annotation tools for a new reference genome11.501Nucleic Acids Res . 2020 Jan 8;48(D1):D676-...
2020-06-10
miRDB: an online database for prediction of functional microRNA targets11.147Nucleic Acids Res . 2020 Jan 8;48(D1):D127...
2020-05-26
CDG: An Online Server for Detecting Biologically Closest Disease-Causing Genes and Its Application to Primary Immunodefi...
2020-05-13
2020年3月,VG软件团队助力合作客户于BMC genomics(IF=3.501)发表题为“iMarmot: an integrative platform for comparative and functional genomics... |