快递查询
测试调用测试设计Survival生存曲线绘制软件环境微生物多样性软件转录组分析软件转录组软件购买重测序软件环境微生物多样性软件(1)桌面软件中药空间代谢组学检测中药非靶代谢组检测中药入血/入靶成分分析中药成分鉴定检测中药组学ATAC-seqCHIP-seqHi-C测序基因调控OmicsBeanMicrobe Trakr(微生物基因组鉴定分析工具)网页分析系统WEB分析系统澳洲血清 BovineBD科研管KAPAQIAGENThermoFisherMVE液氮罐4titude® 样品管标记系统Hi-C建库试剂盒及基因组组装软件无血清细胞冻存液Cell Freezing Medium纳米流式检测仪lexogen支原体检测试剂盒仪器试剂耗材数据库开发数据中心TCGA生存数据包功能医学报告系统开发PlantArray植物生理组平台特色服务单细胞测序空间代谢组DSP空间蛋白质组Visium空间转录组测序空间多组学类器官基因芯片染色体级别基因组组装Hi-C建库叶绿体、线粒体基因组测序一代测序动植物基因组de novo测序细菌基因组测序真菌基因组测序病毒基因组测序简化基因组遗传图谱测序简化基因组GWAS测序基因组重测序表观组基因分型外显子捕获目标区域捕获简化基因组遗传图谱性状定位扫描图DNA中5-hmC图谱测定全基因组甲基化测序真菌基因组扫描图测序epiGBS-简化甲基化BSA混池测序基因组SSR开发基因组(DNA)UMI-RNAseq转录组测序真核有参转录组测序真核无参转录组测序原核链特异性转录组测序全转录组测序 降解组表达谱芯片circRNA芯片circRNA测序Small RNA测序Lnc RNA测序m6A甲基化测序互作转录组测序UMI-RNAseq转录组(RNA)16S扩增子全长测序Meta-Barcoding(eDNA)技术研究微生物多样性测序宏基因组测序宏基因组Binning分析宏基因组抗性基因测序HiC-Meta宏基因组宏转录组差异表达测序宏病毒组测序环境DNAHiFi-Meta宏基因组肠道菌群临床检测基于肠道菌群检测和移植的肠道微生态学科建设宏基因组元素循环测序微生物组蛋白组代谢组抗体芯片Raybiotech芯片蛋白芯片蛋白芯片ENGINE-生物标志物检测服务ENGINE-抗体特异性服务4D蛋白质组Raybiotech芯片OLINK精准蛋白质组学解决方案常规定量蛋白质组蛋白质组定性分析靶向蛋白质组学修饰蛋白质组学非靶向代谢组学靶向代谢组学脂质组学新一代代谢组学 NGM ProLenioBio无细胞蛋白表达系统蛋白和代谢组GC-MS全代谢组LC-MS全代谢组靶向代谢组脂质组学代谢组学反向色谱柱原理的DNA/RNA提取技术分子生物学CRISPR基因编辑细胞定制细胞株构建iPS构建CRISPR/Cas9DNA甲基化修饰细胞FAQ基因编辑切片图像扫描组织芯片免疫组化微量基因组建库专家病理切片数字存档多色免疫荧光组织透明化技术服务病理形态学数据陪护扩增子时序分析基因突变体克隆动物中心小动物疾病模型构建和检测服务基因编辑小鼠动物实验支原体污染检测服务细胞系遗传背景鉴定细胞系鉴定外泌体全转录组测序外泌体分离与鉴定单外泌体邻近编码技术单外泌体蛋白质组学分析服务外泌体专题甲基化焦磷酸测序cfDNA甲基化测序DNA甲基化测序850K甲基化芯片935K甲基化芯片全基因组甲基化测序(WGBS)简化基因组甲基化测序 (RRBS)目标区域甲基化测序 (Targeted Bisulfite Sequencing)甲基化DNA免疫沉淀测序 (MeDIP-seq)氧化-重亚硫酸盐测序 (oxBS-seq)TET-重亚硫酸盐测序(TAB-seq)5hmC-Seal,超高灵敏度的羟甲基化检测羟甲基化免疫共沉淀测序 (hMeDIP-seq)DNA 6mA免疫沉淀测序 (6mA-IP Seq)甲基化专题RNA修饰研究专题免疫印迹(Western-blot)技术服务定量Western检测Simoa单分子免疫分析qPCRCNVSNPPGM测序PCR array数字PCR精准检测ATAC-SeqChIP-SeqRIP-Seq基因调控Ribo-seq核糖体印迹测序技术Active Ribo-seq活跃翻译组测序技术翻译组10x官方发布样本准备样本要求样本取材以及样本编号技巧精简版细胞库组织库动物模型蛋白组代谢组Hi-C单细胞与空间转录组单细胞悬液外泌体Raybiotech蛋白芯片Simoa样本准备样本准备要求表单留言板SaaS 帮助搜索Mac谷歌浏览器2019国自然基金查询生信相关工具集合数据分析项目信息单提交资料分享核酸抽提产品资料转录组软件教学视频微生物多样性软件教学视频Lexogen产品培训视频Olink精准蛋白组学专题项目进度个人中心会员登录会员注册购物车联系我们公众号手机商城公司愿景知识分享
当前位置
降解组

  鉴定microRNAmiRNA)调控的靶基因是阐释miRNA复杂调控机制的关键。在生物体内,miRNA除了抑制mRNA的翻译外,也会诱导mRNA被剪切降解,从而调控基因表达,发挥生物学功能。相比于动物,在植物中miRNA诱导基因剪切降解的方式会更为普遍。降解组测序正是利用高通量测序技术结合生物信息学手段对这些mRNA降解片段进行大规模鉴定,进而鉴定miRNA调控靶基因的技术。该技术既摆脱了仅利用生物信息学预测靶基因带来的高假阳性,又避免了常规靶基因鉴定手段(如5 RACE)低通量耗时耗力的不足,显著促进了miRNA的功能研究。


降解组原理


技术优势

     通量高:一次降解组测序即可鉴定出成百上千条miRNA作用的靶基因,远胜于传统的5RACE方案

    数据质量高:提供Q30PhredScore)以上数据,确保数据分析的准确性

    数据分析软件优:拥有自主开发的数据分析软件ACGT301-DEG101,并结合CleaveLand,可靠性已经过大量实验项目检验

     文库构建快速可靠:使用全新优化的文库构建方案使得样本起始量更少、建库步骤更简单、测序读长更长,同时PCR扩增次数和割胶纯化次数更少,因而能够更真实地反映样本降解组的丰度,进一步提高实验数据的准确性。


服务流程

   1.个性化测序方案设计

 根据用户的实验要求,设计适合的测序方案


   2.样品制备与检测

  采用适合样本特性的总RNA制备方案(接受用户提供总RNA
  NanoDrop测定样本纯度
  2100 Bioanalyzer测定样本完整度


   3.文库制备

  回收降解片段
  连接接头
  反转录和PCR扩增
  PAGE纯化,用于上机测序


    4.上机测序

    HiSeq2000上机测序(36 SE测序策略)


    5.标准数据分析

 测序数据产出统计,鉴定mRNA降解片段,绘制降解组密度文件,miRNA靶基因鉴定和注释,绘制T-plot


    6.进阶数据分析

 满足用户个性化需求,协商提供进阶数据分析


样品要求

 样本类型:完整无DNA污染的总RNA*

    样本起始量(单次):≥ 20 μg /样本。若您的样品量不足,请咨询技术支持。

 样本浓度:建议介于100~200 ng/μL

 样本纯度:O.D. 260/280 1.8~2.0O.D. 260/230 1.8

    样本完整度:RIN 7Ratio 28S/18S 0.7;某些来源样本(如体液样本,昆虫样本,水生生物样本等)无RINRatio28S/18S要求

   *我们为您提供高质量的样本Total RNA抽提服务


服务周期

 标准流程的服务周期约为60个工作日。


案例分享

案例一:使用降解组测序鉴定野生大豆miRNA调控的靶基因

Zeng QY, Yang CY, Ma QB, Li XP, Dong WW, Nian H. (2012) Identification of wild soybean miRNAs and their target genes responsive to aluminum stress. BMC Plant Biol, 12(1), 182.

作者使用降解组测序技术并结合小RNA测序技术对铝胁迫下的野生大豆miRNA及其调控的靶基因展开研究,共鉴定出已知miRNAs的86个靶基因和新发现miRNA的5个靶基因。上图为miR319剪切靶基因的t-plots图。


案例二:使用降解组测序鉴定小鼠miRNA以剪切方式调控的靶基因

Bracken,C.P., Szubert,J.M., Mercer,T.R., Dinger,M.E., Thomson,D.W., Mattick,J.S., Michael,M.Z. and Goodall,G.J. (2011) Global analysis of the mammalian RNA degradome reveals widespread miRNA-dependent and miRNA-independent endonucleolytic cleavage. Nucleic Acids Res., doi:10.1093/nar/gkr110.

  作者使用降解组测序技术鉴定出成年小鼠组织中16个可能的miRNA剪切靶基因,其中miR-151-5p介导剪切N4BP1和let-7b介导剪切2410001C21Rik是最为显著的,如上图所示。