串联法和并联法构建进化树串联法和并联法构建进化树 串联法(Concatenation)：先将不同物种之间的每个单拷贝基因单独进行多序列比对，然后将这些比对后的单拷贝基因进行首尾相连串接成一个supergene矩阵，最后将这个supergene用于构建系统发育树。 并联法(Coalescence)：先将不同物种之间的每个单拷贝基因单独进行多序列比对，并构建每一个单拷贝基因对应的基因树，然后将所有单拷贝基因对应的基因树进行合并重构出相应的物种树，再进行ML系统发育树的构建。 目前主流的进化树构建基本都是基于串联法，并联法构建进化树的方法很少见。针对这种情况；Mirarab S开发了并联法构建进化树的软件：ASTRAL； 该软件2014年发表。目前引用：457。
下载压缩包解压后可直接使用 unzip -x Astral.5.6.3 java -jar astral.5.6.3.jar
Usage: java -jar astral.5.6.3.jar [--help] (-i|--input) <input file> [(-o|--output) <output file>] [(-q|--score-tree) <score species trees>] [(-t|--branch-annotate) <branch annotation level>] [(-b|--bootstraps) <bootstraps>] [(-r|--reps) <replicates>] [(-s|--seed) <seed>] [-g|--gene-resampling] [--gene-only] [(-k|--keep) <keep>] [(-c|--lambda) <lambda>] [(-a|--namemapfile) <mapping file>] [(-m|--minleaves) <minleaves>] [--samplingrounds <samplingrounds>] [(-w|--generepeat) <gene repetition>] [--polylimit <polylimit>] [--dup] [-x|--exact] [(-p|--extraLevel) <extraLevel>] [(-e|--extra) <extra trees>] [(-f|--extra-species) <extra species trees>] [--remove-bipartitions <remove extra tree bipartitions>] [(-d|--trimming) <trimming threshold>] [(-l|--duploss) <duploss weight>][--help] 输出帮助文档(-i|--input) <input file> 输入进化文件[(-o|--output) <output file>] 输出物种进化结果[(-q|--score-tree) <score species trees>] 对所提供的物种树进行评分并退出[(-b|--bootstraps) <bootstraps>] 每个基因bootstrap构建的进化树文件；一个基因一行[(-r|--reps) <replicates>] 自举次数； 默认100[(-s|--seed) <seed>] 设置多基因座自举中使用的种子编号。 （默认：692）[-g|--gene-resampling] 除了自举树重新采样之外，还执行基因树重新采样；针对-b参数有效[--gene-only]执行自举时只进行基因树重新采样。 不能和-b选项一起使用[(-m|--minleaves) <minleaves>] 去除分支数量少于指定数量的基因[(-w|--generepeat) <gene repetition>]每个基因座采样的进化树数量。 （默认：1）[(-e|--extra) <extra trees>]提供额外的树（带基因标签）用于丰富组群集搜索[(-f|--extra-species) <extra species trees>]提供额外的树木（用物种标签）来丰富组群集搜索
最终结果：
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