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MethylationEPIC BEadChip(850k)甲基化芯片
技术简介
样本要求
应用案例
技术支持

DNA甲基化对基因表达调控起着动态的重要作用。 借助MethylationEPIC BeadChip,研究人员可以基于单核苷酸分辨率定量检测基因组中的850,000多个甲基化位点。包括FFPE在内的多重样本可以并行分析,以便在每样本最低成本的情况下实现高通量功能。依托业界领先的Infinium实验分析方法,MethylationEPIC BeadChip是全表观基因组关联研究(EWAS)的理想之选。它提供了由专家精选的全面的覆盖范围,囊括99%的RefSeq基因,95%的CpG岛,高覆盖度的增强子区域和其他内容类别。由于超过90%的Infinium HumanMethylation450K位点内容都涵盖在内,因此新一代MethylationEPIC试剂盒对这些位点也完全支持。

技术优势

       MethylationEPIC BEadChip兼具全面的覆盖范围和高通量功能,因此是EWAS的理想之选。其他优势包括:


  • 全面的全基因组覆盖范围(> 850,000个甲基化位点)

    • CpG岛

    • 非CpG和差异甲基化位点

    • FANTOM5增强子

    • ENCODE染色质

    • ENCODE转录因子结合位点

    • miRNA启动子区域


  • 实验分析方法重现性

    • 98%(针对技术性重复)

    • 98%(针对传统HumanMethylation450K芯片对照,MethylationEPIC芯片采用的相同样本)

    • >90%(针对HumanMethylation450K位点内容)


  • 用户友好的简化工作流程


  • 与FFPE样本兼容

         MethylationEPIC BeadChip遵循用户友好的简化的工作流程,可以从低样本起始量(低至250 ng)同时处理多达96个样本

  该甲基化芯片针对常规样本和FFPE样本提供单CpG位点级别的定量测量,因此能实现超级精细的解析度,方便用户了解表观遗传的变化。

试剂盒运用一代和二代Infinium实验分析方法化学技术,支持无PCR和低样本输入量(低至250 ng)(在实验前,要对DNA进行质检,另外考虑到实验室间浓度定量的差异,在客户送样时,要求总量大于1ug),浓度大于50ng/ul,260/280>1.6,260/230>1.6。


一、项目信息... 3

1.1      合同信息.. 3

1.2 分析内容.. 4

二、Illumina Infinium MethylationEPIC BeadChip简介... 6

2.1 芯片原理.. 6

2.2   Infinium IInfinium II 探针设计原理图.. 7

2.3   850k芯片技术特点.. 7

2.4   850K芯片探针覆盖技术参数.. 8

三、实验结果... 10

3.1 分析流程.. 10

3.2 探针过滤与数据归一化.. 10

3.3 数据质控结果.. 11

3.4 差异筛选.. 14

3.5 差异位点的功能注释与富集.. 21

3.6 拷贝数变异分析.. 25

3.7 数据高级分析.. 27

一、项目信息... 3

1.1      合同信息.. 3

1.2 分析内容.. 4

二、Illumina Infinium MethylationEPIC BeadChip简介... 6

2.1 芯片原理.. 6

2.2   Infinium IInfinium II 探针设计原理图.. 7

2.3   850k芯片技术特点.. 7

2.4   850K芯片探针覆盖技术参数.. 8

三、实验结果... 10

3.1 分析流程.. 10

3.2 探针过滤与数据归一化.. 10

3.3 数据质控结果.. 11

3.4 差异筛选.. 14

3.5 差异位点的功能注释与富集.. 21

3.6 拷贝数变异分析.. 25

3.7 数据高级分析.. 27

案例分析:外周血DNA甲基化揭示阿尔茨海默病新的生物标志物

Harnessing peripheral DNA methylation differences in the Alzheimer's Disease Neuroimaging Initiative (ADNI) to reveal novel biomarkers of disease. Clin Epigenetics. 2020 Jun 15;12(1):84.

1、研究方案:本课题通过Infinium MethylationEPIC BeadChip甲基化芯片技术检测了653个个体的外周血样本的DNA甲基化信息。通过EWAS进行关联分析。

2、研究结果:EWAS分析出的最显著的差异甲基化位点与MMSE (Mini Mental State Examination) 得分相关。差异甲基化位点在脑和神经退行性相关基因(例如BDNF、BIN1、APOC1)附近富集。与健康对照组相比,年龄匹配的AD患者的外周差异甲基化可能成为疾病新的生物标志物。

Fig1、Distribution of cross-diagnosis differential DNA methylation marks across the genome

Fig.2 Comparison of DNA methylation in AD vs CN (cognitively normal)

Fig.3 Comparison of DNA methylation in MCI (Mildcognitiveimpairment) vs CN (cognitively normal)

Fig.4 Comparison of DNA methylation in AD (Alzheimer’sdisease) vs MCI (mild cognitive impairment)

850K芯片与WGBS参数对比


技术参数850K芯片WGBS
检测物种不受限
检测原理重亚硫酸盐转化重亚硫酸盐转化
起始量250ng2ug
分辨率单碱基单碱基
检测CpG位点>85,000>3,800,000
是否适用于FFPE适用不适用
技术重复R2>0.98
实验周期20个工作日30个工作日
实验费用
10k
检测范围已知位点不受限
数据分析简单困难

















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