快递查询
测试调用测试设计Survival生存曲线绘制软件环境微生物多样性软件转录组分析软件转录组软件购买重测序软件环境微生物多样性软件(1)桌面软件中药空间代谢组学检测中药非靶代谢组检测中药入血/入靶成分分析中药成分鉴定检测中药组学ATAC-seqCHIP-seqHi-C测序基因调控OmicsBeanMicrobe Trakr(微生物基因组鉴定分析工具)网页分析系统WEB分析系统澳洲血清 BovineBD科研管KAPAQIAGENThermoFisherMVE液氮罐4titude® 样品管标记系统Hi-C建库试剂盒及基因组组装软件无血清细胞冻存液Cell Freezing Medium纳米流式检测仪lexogen支原体检测试剂盒仪器试剂耗材数据库开发数据中心TCGA生存数据包功能医学报告系统开发PlantArray植物生理组平台特色服务单细胞测序空间代谢组DSP空间蛋白质组Visium空间转录组测序空间多组学类器官基因芯片染色体级别基因组组装Hi-C建库叶绿体、线粒体基因组测序一代测序动植物基因组de novo测序细菌基因组测序真菌基因组测序病毒基因组测序简化基因组遗传图谱测序简化基因组GWAS测序基因组重测序表观组基因分型外显子捕获目标区域捕获简化基因组遗传图谱性状定位扫描图DNA中5-hmC图谱测定全基因组甲基化测序真菌基因组扫描图测序epiGBS-简化甲基化BSA混池测序基因组SSR开发基因组(DNA)UMI-RNAseq转录组测序真核有参转录组测序真核无参转录组测序原核链特异性转录组测序全转录组测序 降解组表达谱芯片circRNA芯片circRNA测序Small RNA测序Lnc RNA测序m6A甲基化测序互作转录组测序UMI-RNAseq转录组(RNA)16S扩增子全长测序Meta-Barcoding(eDNA)技术研究微生物多样性测序宏基因组测序宏基因组Binning分析宏基因组抗性基因测序HiC-Meta宏基因组宏转录组差异表达测序宏病毒组测序环境DNAHiFi-Meta宏基因组肠道菌群临床检测基于肠道菌群检测和移植的肠道微生态学科建设宏基因组元素循环测序微生物组蛋白组代谢组抗体芯片Raybiotech芯片蛋白芯片蛋白芯片4D蛋白质组Raybiotech芯片OLINK精准蛋白质组学解决方案常规定量蛋白质组蛋白质组定性分析靶向蛋白质组学修饰蛋白质组学非靶向代谢组学靶向代谢组学脂质组学蛋白和代谢组GC-MS全代谢组LC-MS全代谢组靶向代谢组脂质组学代谢组学分子生物学CRISPR基因编辑细胞定制细胞株构建iPS构建CRISPR/Cas9DNA甲基化修饰细胞FAQ基因编辑切片图像扫描组织芯片免疫组化微量基因组建库专家病理切片数字存档多色免疫荧光病理形态学数据陪护扩增子时序分析基因突变体克隆动物中心小动物疾病模型构建和检测服务基因编辑小鼠动物实验支原体污染检测服务细胞系遗传背景鉴定细胞系鉴定外泌体全转录组测序外泌体分离与鉴定单外泌体蛋白质组学分析服务外泌体专题甲基化焦磷酸测序cfDNA甲基化测序DNA甲基化测序850K甲基化芯片935K甲基化芯片全基因组甲基化测序(WGBS)简化基因组甲基化测序 (RRBS)目标区域甲基化测序 (Targeted Bisulfite Sequencing)甲基化DNA免疫沉淀测序 (MeDIP-seq)氧化-重亚硫酸盐测序 (oxBS-seq)TET-重亚硫酸盐测序(TAB-seq)5hmC-Seal,超高灵敏度的羟甲基化检测羟甲基化免疫共沉淀测序 (hMeDIP-seq)DNA 6mA免疫沉淀测序 (6mA-IP Seq)甲基化专题RNA修饰研究专题免疫印迹(Western-blot)技术服务定量Western检测Simoa单分子免疫分析qPCRCNVSNPPGM测序PCR array数字PCR精准检测ATAC-SeqChIP-SeqRIP-Seq基因调控Ribo-seq核糖体印迹测序技术Active Ribo-seq活跃翻译组测序技术翻译组10x官方发布样本准备样本要求样本取材以及样本编号技巧精简版细胞库组织库动物模型蛋白组代谢组Hi-C单细胞与空间转录组单细胞悬液外泌体Raybiotech蛋白芯片Simoa样本准备样本准备要求表单留言板SaaS 帮助搜索Mac谷歌浏览器2019国自然基金查询生信相关工具集合数据分析项目信息单提交资料分享核酸抽提产品资料转录组软件教学视频微生物多样性软件教学视频Lexogen产品培训视频Olink精准蛋白组学专题项目进度个人中心会员登录会员注册购物车联系我们公众号手机商城公司愿景知识分享
当前位置
项目简介
样本要求
应用案例

WGBS甲基化检测最有力的方案

全基因组甲基化测序(Whole Genome Bisulfite Sequencing, WGBS)

是结合重亚硫酸盐Bisulfite处理和NGS高通量测序技术,

对有参考基因组的物种在全基因组水平进行单碱基分辨率的甲基化检测,

适合各种类型的样本(细胞、全血、组织、病理切片、血浆cfDNA)

广泛用于人、动物及农林牧渔等方向的高水平甲基化研究。

用心服务每一个项目

专注表观组学10年,提供专业有价值的DNA甲基化完整解决方案;

已经完成人、动植物等几十个物种, 5000+例样本WGBS项目经验;

已完成常规样本、复杂样本(FFPE)及微量样本(血浆cfDNA)多种样本类型项目;

严格WGBS建库质控和效率,Bisulfite转化率>99%;

自动化建库测序流程,保障WGBS周期交付能力;

核心团队发表Genome BiolNat CommunCell Res等高水平SCI文章;

专业的生物信息分析团队, 提供更多个性化分析思路和方案。

科学方案设计

从项目方案、样本处理、建库测序,到数据分析;

每个项目需要专业、有价值的建议;及时高效的沟通,以保障高质量研究成果

样本类型和要求

样本类型

样本要求

基因组DNA

总量≥ 3ug; 浓度≥ 30ng/ul; 基于Qubit定量

血浆/血清/cfDNA

建议提供1-4ml血浆/血清, 或者>15ng cfDNA

细胞、全血、动植物组织等

按照送样要求准备

备注:用封口膜密封样品; 干冰运输

信息分析

WGBS

分析内容

备注

标准分析

1、测序数据质量评估

过滤掉低质量数据,保证数据质量

2、与参考基因组比对

比对率和覆盖度分析

3、甲基化位点Calling

评估胞嘧啶甲基化状态

4、甲基化分布图谱分析

甲基化在基因组、功能元件上的分布

5、组间差异甲基化DMR分析

寻找DMR及注释

6、差异甲基化基因DMG分析

DMG富集分析GOKEGG

7、多样本聚类分析

PCA分析多样本甲基化变化规律

高级分析

8、多组学整合关联分析

例如与转录组关联分析

9、其它定制化分析

结合课题背景亮点挖掘


WGBS单链建库送样要求

一、   送样类型

基因组DNA、细胞、全血、动植物组织

二、   保存方式

基因组 DNA、细胞、全血、动植物组织:放-20℃冰箱中保存(2年以内),或者放-80℃冰箱中长期保存(5年以内);保存期间避免反复冻融。

三、   运输条件

1、基因组 DNA:冰袋或者干冰运输;

2、细胞、全血、组织样本:干冰运输,顺丰陆运(3-4天时间),夏季 10-15公斤干冰;秋冬季 10公斤干冰;

四、   样本量要求

1、基因组 DNA:常规WGBS,总量不少于0.5-1ug,浓度不低于 25ng/ul。

1)提供样本 DNA完整性质检结果,例如琼脂糖凝胶电泳或者 Agilent 2100电泳等;

2)提取基因组 DNA,要加 RNA酶,去除 RNA污染;

3)提取基因组 DNA,溶到 TE或者 elution buffer, 避免溶解到纯水;

4)提供 Qubit检测浓度,基于 OD值的检测方法,例如 NanoDrop,会严重高估浓度。

2、细胞样本:常规WGBS,不少于 1x10*6个细胞

1)收集贴壁或者悬浮细胞、使用预冷的 1×PBS,洗涤 2次,600g离心 5分钟;

2)最后一次离心后,尽量去除上清 PBS,保留细胞沉淀;

3、全血样本:1-5ml外周血

使用普通 EDTA抗凝管,避免使用肝素抗凝管。

4、动植物组织:动物组织,30mg以上;植物组织,不同组织,送样量不同

动物组织:用预冷的 1×PBS溶液洗掉组织表面残留的血液;取不少于 30mg(绿豆大小)组织块,放置-20℃冰箱中保存,或者放-80℃冰箱中长期保存(1年以内);

植物组织:从植物体上,取下新鲜组织,用清水将材料表面的灰尘或泥土冲洗干净,吸干;取不少于 300mg叶片等组织,对于果实等含糖很高的组织,送样前需要咨询技术人员。

案例分析1: 灵长类早期着床前胚胎发育DNA甲基化重编程(团队成员发表)

De novo DNA methylation during monkey pre-implantation embryogenesis. Cell Research. 2017;27:526-539.

一、研究方案:灵长类胚胎发生的关键表观遗传调控需要DNA甲基化重编程,我们首先建立了基于转座酶的超微量WGBS测序技术,详细研究了猕猴早期着床前胚胎7个阶段(Sperm、Oocytes、Zygotes、2-cell、8-cell、Morula和ICM)的DNA甲基化动态变化过程。

二、研究结果:首次全面阐明了DNA甲基化动力学的“盈与亏”阶段特征,并通过DNA甲基转移酶功能缺失实验表明DNA甲基化影响早期猴胚胎发育。


案例分析2:大豆驯化和改良过程中的DNA甲基化足迹

DNA methylation footprints during soybean domestication and improvement. Genome Biol. 2018; 10;19(1):128

研究方案:本课题通过WGBS技术比较了野生大豆、地方品种和改良品种(n=45)在大豆驯化与改良过程中DNA甲基化的变化。

研究结果:鉴定了5412个甲基化差异区域(DMR), 而这些DMR基因富集在碳水化合物代谢途径。这为大豆不同品种间DNA甲基化提供了有价值的图谱,拓展了大豆驯化与改良的认识。


案例分析3:血浆DNA甲基化分析提示EBV病毒相关疾病的病因

Methylation analysis of plasma DNA informs etiologies of Epstein-Barr virus-associated diseases. Nat Commun. 2019;10(1):3256.

一、研究方案:本研究通过对鼻咽癌(NPC, n=15)、EBV相关性淋巴瘤(n=9)和传染性单核细胞增多症患者(n=5)的血浆游离DNA进行WGBS测序分析。

二、研究结果:发现EBV DNA甲基化图谱呈现疾病相关模式。这表明在鼻咽癌诊断中进行血浆EBV DNA甲基化分析具有重要的潜力。