目标区域甲基化测序(Targeted Bisulfite Sequencing)
除了全基因组甲基化测序技术等研究手段，对于目标基因/CpG位点甲基化检测，需要灵活的靶向甲基化测序方案, 基于亚硫酸盐多重PCR捕获核心技术和NGS高深度测序的目标区域甲基化测序Targeted Bisulfite Sequencing, 满足几个到上百个基因/CpG位点的检测, 具有高准确性、高通量、低成本、快周期的优势, 广泛用于临床样本多位点的甲基化Biomarker筛选、验证及临床转化应用。
技术优势 基于亚硫酸盐多重PCR扩增捕获测序； 高效灵活的目标区域甲基化检测方案； NGS高深度测序，单碱基分辨率，绝对定量的； 适合几个到几百个区域/CpG位点同时检测； 适合广泛的样本类型：血液、组织、病理切片、灌洗液、粪便等； 低成本、快周期的，超高性价比优势；
核心技术，用心服务每一个项目 专注表观组学10年，提供专业有价值的DNA甲基化完整解决方案； 最早开发TBS技术团队之一, 国内首家推出靶向甲基化TBS定制化服务； 已经完成血液、组织、病理切片、粪便等多种类型，10000+例样本TBS项目经验; 核心团队在Genome biology、DNA Res等杂志发表多篇SCI论文； 专业的生物信息分析团队, 提供更多个性化分析思路和方案。
科学方案设计 从项目方案、样本处理、建库测序，到数据分析； 每个项目需要专业、有价值的建议；及时高效的沟通，以保障高质量研究成果。
样本类型和要求
数据分析
TBS(TargetedBisulfiteSequencing)送样要求 一、 送样类型 基因组 DNA、细胞、全血、动物组织、 FFPE、肺泡灌洗液、尿液及粪便等 二、 保存方式 1 、基因组 DNA 、细胞、全血、动植物组织：放-20℃冰箱中保存，或者放-80℃冰箱中长期保存(1年以内)；保存期间避免反复冻融。 2、FFPE 样本：室温保存 三、 运输条件 1、基因组 DNA：冰袋或者干冰运输； 2 、细胞、全血、组织样本： 干冰运输，顺丰陆运(3-4 天时间)，夏季 10-15公斤干冰；秋冬季 10 公斤干冰； 3、FFPE 样本：室温运输。 四、 样本量要求 1、基因组DNA：总量不少于500ng，浓度不低于10ng/ul。 1)提供样本 DNA完整性质检结果，例如琼脂糖凝胶电泳或者Agilent2100 电泳等； 2)提取基因组DNA，要加RNA 酶，去除 RNA 污染； 3)提取基因组 DNA，溶到 TE 或者elutionbuffer,避免溶解到纯水； 4)提供 Qubit检测浓度， 基于 OD值的检测方法，例如 NanoDrop, 会严重高估浓度。 2、细胞样本：不少于1x10*6 个细胞 1 )收集贴壁或者悬浮细胞、 使用预冷的1 ×PBS，洗涤 2 次，600g 离心5 分钟；2)最后一次离心后，尽量去除上清 PBS，保留细胞沉淀; 3、全血样本：0.2-5ml外周血 使用普通 EDTA 抗凝管，避免使用肝素抗凝管。 4、动物组织：10mg以上 用预冷的 1 ×PBS 溶液洗掉组织表面残留的血液； 取不少于 30mg (1/2 绿豆大小) 组织块，放置-20℃冰箱中保存，或者放-80℃冰箱中长期保存(1年以内)； 5、FFPE样本：不少于0.5ug 案例分析1：DNA甲基化异常用于甲状腺结节诊断 Identification of Tissue-Specific DNA Methylation Signatures for Thyroid Nodule Diagnostics. Clin Cancer Res. 2019;15;25(2):544-551. 本课题通过RRBS检测了109个甲状腺组织的DNA甲基化，发现癌旁、良性结节和癌组织之间存在显著差异，并在65个甲状腺结节的回顾性队列样本中得到验证。这些组织特异性DMR与活性增强子和癌症相关基因密切相关，表明DNA甲基化为甲状腺结节提供准确的诊断。并开发及验证了基于靶向甲基化测序TBS (Target Bisulfite Sequencing) 用于甲基化多位点甲状腺结节诊断的转化应用方案的重要价值。
案例分析2：血清游离DNA甲基化biomarker用于乳腺癌转移早期筛查 Methylation patterns in serum DNA for early identification of disseminated breast cancer. Genome Med. 2017;22;9(1):115. 本课题通过RRBS检测了31个样本，其中癌组织(n=8)和白细胞(n=23)的DNA甲基化，筛选出18个癌症特异的DMR, 进一步通过TBS (Targeted Bisulfite Sequencing) 在两个样本库(>1000例)的血浆cfDNA中验证，找到血清EFC#93用于早期识别弥散性乳腺癌的biomarker.
案例分析3：循环肿瘤DNA甲基化biomarker用于肝癌诊断和预后 Circulating tumour DNA methylation markers for diagnosis and prognosis of hepatocellular carcinoma. Nat Mater. 2017;16(11):1155-1161. 本课题通过TCGA数据库筛选401个甲基化Biomarker, 在1933例血浆中进行基于靶向亚硫酸盐测序(Targeted Bisulfite Sequncing, TBS) ，通过与临床样本信息进行关联分析，最终筛选了10个HCC诊断和8个HCC预后预测的甲基化Biomarker.
案例分析4：乳腺癌中48个基因甲基化普研究 Methylation profiling of 48 candidate genes in tumor and matched normal tissues from breast cancer patients. Breast Cancer Res Treat. 2015;149(3):767-79. PubMed文献检索与癌症相关的48个基因，180例乳腺癌患者配对的癌和癌旁组织样本库中，通过TBS (Targeted Bisulfite Sequencing) 检测这48个基因的启动子甲基化，寻找有价值的甲基化标记物；结果聚类分析筛选出13个基因（CST6、DBC1、EGFR、GREM1、GSTP1、IGFBP3、PDGFRB、PPM1E、SFRP1、SFRP2、Sox17、TNFRSF10D和WRN）为候选生物标志物，构建乳腺癌高效率的癌症预测模型。
案例分析5：靶向亚硫酸盐测序发现食管鳞癌甲基化biomarker Targeted bisulfite sequencing identified a panel of DNA methylation-based biomarkers for esophageal squamous cell carcinoma (ESCC）.Clin Epigenetics. 2017. 15;9:129 基于TCGA数据库(450K芯片)等数据，**步筛选了5个潜在甲基化biomarker，第二步通过TBS (Target Bisulfite sequencing) 在94对ESCC样本中验证和评估，由5个CpG位点Panel的诊断模型具有很好的指标(sensitivity=0.75, specificity=0.88, AUC=0.85)
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