甲基化DNA免疫沉淀测序(MeDIP-seq)
甲基化DNA免疫沉淀测序(Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing,MeDIP-Seq), 采用甲基化DNA免疫共沉淀技术,通过5'-甲基胞嘧啶(5mC)抗体特异性富集基因组上发生甲基化的DNA片段测序, 可以在全基因组水平上进行高精度的CpG密集的高甲基化区域研究, 是分析基因组DNA甲基化变化的一种准确可靠的技术。
用心服务每一个项目 专注表观组学10年,提供专业有价值的DNA甲基化完整解决方案; 最早开发MeDIP-seq技术团队之一, 严格的内参质控; 已经完成人、小鼠、大鼠、猪等多个物种MeDIP-seq项目经验; 核心团队在Nature communications, Genome biology等杂志发表多篇SCI论文; 专业的生物信息分析团队, 提供更多个性化分析思路和方案。
科学方案设计 从项目方案、样本处理、建库测序,到数据分析; 每个项目需要专业、有价值的建议;及时高效的沟通,以保障高质量研究成果。
样本类型和要求
数据分析
案例分析:同卵双胞胎2型糖尿病易感基因的表观基因组关联分析(团队成员发表) An integrated epigenomic analysis for type 2 diabetes susceptibility loci in monozygotic twins. Nature communications. 2014; 5: 5719. 一、研究背景 2型糖尿病(T2D)是一种高度异质性疾病,通过遗传易感性和环境的结合引起。全基因组关联研究(GWAS)已经鉴定出至少65个T2D位点,但这仅解释了T2D疾病易感性的6%。T2D的变异也可能部分通过表观遗传效应来解释,比如DNA甲基化。 二、方法流程 取材:27对同卵双胞胎的全血:T2D-discordant (n=17), T2D-concordant (n=3), 对照组non-T2D group (n=7) 测序:甲基化DNA免疫沉淀测序(MeDIP-Seq) 验证:450K芯片:差异甲基化基因 三、研究结果 1、在这项研究中,对27对同卵双胞胎的全血DNA进行了MeDIP-Seq,发现了大量的与2型糖尿病相关基因的差异甲基化区域(DMR),并在随后的另外一批大量样本(42个T2D和221正常对照)的研究中得到了进一步的验证; 2、其中MALT1基因启动子区的甲基化变化,与血液中牛磺胆酸水平的变化直接相关,并涉及到胰岛素和血糖代谢相关的信号通路; 3、DNA甲基化组与T2D相关临床数据的分析结果表明了差异DNA甲基化区域在T2D易感性基因上的相对富集。 四、研究结论 总之,综合基因组学和表观基因组学的方法,加上同卵双胎的病理模型,我们很好地解释T2D等其他复杂性状疾病的致病原因,并发现潜在的药物靶标和生物标记物。 |