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菌种鉴定序列上传NCBI

物种鉴定中，常见的marker包括细菌16S rRNA，真核生物ITS1、ITS2、18S rRNA、28S rRNA，线粒体16S rRNA、12S rRNA、COX1，叶绿体16S rRNA、23S rRNA等。这些物种鉴定序列的通常是上传到NCBI Genbank数据库。

Step 1

数据准备

1、在菌鉴结果文件夹中，找到每个样本的拼接序列，然后将需要上传的样本序列整理合并为一个fasta格式的序列（如下图）。

2、整理每条序列的物种信息表格，包括Sequence_ID、Organism、strain、clone、Isolation_source、Collection_date等。

Step 2

菌鉴数据提交Genbank数据库

1、登录NCBI，进入Genbank上传页面（https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/genbank/），点击New submission，新建上传任务；

2、选择上传数据类型；

3、填写数据提交者基本信息；

4、填写测序平台相关信息；

5、上传Step1中准备好的fasta格式的序列文件；

6、物种Source来源，进入下一步；

7、选择上传Step1中，准备好的每条序列的物种信息表格文件；

8、填写参考文献title，如果文献未发表选择Unpublished；

9、最后一步是信息总览，确认无误后，Submit提交。