小基因组研究

小基因组研究包括：

1. 细菌基因组研究

2. 细菌基因组特色研究

3. 病毒（噬菌体）基因组和真菌基因组

4. 叶绿体&线粒体基因组抽提富集及测序

细菌的全基因组相对较小，具有重复序列较高、易于突变等特点，很有必要对细菌进行全基因组测序。细菌de novo测序已取代传统方法称为研究细菌遗传进化机制，关键功能基因的重要工具。

云生物细菌基因组完成图研究**策略：NGS+Pacbio/Nanopore

研究特色

• 纯手工拼接，人工确认组装质量

• 可获得所有质粒，噬菌体等内源基因组

• 复杂区域组装经验丰富

• 0N, 0Gap高品质结果交付

• PCR实验可验证，组装注释结果符合NCBI上传要求。

项目实例展示

多质粒基因组圈图

参考文献：Comparative gemomic analysis of isoproturonmineralizingsphingomonads reveals the isoproturon catabolic mechanism. Environmental microbiology,2016.

链霉菌基因组功能研究

参考文献：Biosynthesisof ilamycins featuring unusual building blocks and engineered production ofenhanced anti-tuberculosis agents. NatureCommunications (IF=12.353)， 2017.

研究特色

• 可实现质粒基因组，BAC（细菌人工染色体）测序及完成图组装注释

• 定制化分析服务，云生物可以为客户提供1V1的个性化分析定制服务。

项目实例展示

比较基因组研究：

同源基因分析

GI岛预测

泛基因组研究：

系统发育树构建

群体共线性分析

共有和特有基因分析

定义

病毒基因组结构简单，一般只含有单一核酸，在探究病毒的毒力系统、病毒的基因组进化与演变历程方面意义深远，可以为揭示病毒流行病变化趋势等提供有力参考。

真菌基因组相对复杂，阐明真菌基因组特征在真菌遗传学研究、工业技术、致病机理等方面意义重大。

病毒基因组圈图

研究难点

• mtDNA&cpDNA实验富集——核DNA污染高，目标基因组比例少

• mtDNA&cpDNA基因注释——在线注释工具准确性差，无法满足研究需要。

技术亮点

• 业内**的mtDNA&cpDNA富集抽提服务
  

自主研发的细胞器提取技术，高效实现高质量细胞器基因组富集。

• 一对一的生物信息分析，人工基因注释矫正

告别在线注释平台的偏差，满足NCBI数据库上传要求，高质量结果交付，助力高水平研究。

技术流程

测序分析流程