肿瘤诊疗靶点开发 · 肝细胞癌基因panel与肿瘤Stage联合生存预后分析研发报告

通过WGCNA与竞争性内源RNA筛选肝细胞癌基因并运用多元回归

和临床性状联合分析获取肝细胞癌预后基因panel

• 数据库来源 (部分)

(1) TCGA数据库（https://www.cancer.gov/about-nci/organization/ccg/research/structural-genomics/tcga）

(1) GO数据库 （http://geneontology.org/）

(1) KEGG数据库 （https://www.kegg.jp/）

• 分析方法 (部分)

(1) 该数据分析包通过TCGA数据库获取肝癌组与正常组织测序信息及其相应的临床信息并进行差异mRNA、miRNA、lncRNA分析。

(2) 肝细胞癌差异表达mRNAs的GO分析和KEGG-Pathway分析。

(3) 该数据分析包通过miRNA, lncRNA和mRNA之间的靶向分析构建ceRNA网络。

(4) 该数据分析包使用WGCNA分析获得共表达最为明显的模块，将该模块基因与ceRNA基因取交集获得候选基因。

(5) 通过Cox单元回归和多元回归筛选出候选基因中的基因Panel。

(6) 将基因panel与肝癌的Stage作联合生存分析得出最终结论。

• 项目研发成果

(1) 通过TCGA数据库下载和差异基因分析，共获得307条差异miRNA，769条差异lncRNA，4483条差异mRNA。

(2) 通过ceRNA网络分析，共获得4条核心miRNA（hsa-let**、hsa-let-7**、hsa-miR-139**、hsa-miR-13**）和核心基因IGF2B**、CTH**、GR**、

CSM**、CDC**、SPC**、ARI**、IGF2**、HE**、SEP**、CR**。

(3) 通过WGCNA分析共获得5210条强共表达基因，其中包括3358条mRNA（例ARHG**、SLC2**），72条miRNA(例LINC0**、C1or**，1780条lncRNA

（例has-miR**、has-miR-**)。随后，通过将该结果与ceRNA基因做交集共获得1463条候选基因，其中包括851条候选mRNA（例DL**、E2**），171条

候选lncRNA（例DSC**、TYM**），441条候选miRNA（例hsa-miR**、hsa-miR-**）。

(4) 将候选基因进行单元回归分析与多元分析，得到41条与生存预后相关的基因（例如hsa-miR**、hsa-miR-3**），多元回归最终得到基因panel：hsa-let-

**、hsa-miR-1**、 hsa-mi**。预后相关基因与基因panel具有显著的生存预后意义，可作为癌症实验的对象。

(5) 将基因panel与肝癌stage进行联合生存分析，得出结论在早期肝癌中，该基因panel有极高的预后意义，该基因panel可以作为早期肝癌的预后

biomarker。

• 项目研发成果示例图 (部分)

  

• 后期可开展的工作及预期成果

  该数据包所测和筛选的标志物基因在今后对肝癌的科学研究、临床诊断、治疗、预后以及药物研发都具有十分重要的意义。

  ★★★ 预期发展方向一：可通过收集肝细胞癌组织样本及临床信息，再验证生信分析结果，预期可发表IF>2以上文章。

  ★★★ 预期发展方向二：可对验证的靶点进行相应的机制探索实验，则预期可发表IF＞5的文章或开发新型诊断试剂盒，申报2项国家自然科学基金，申请至

  少3项国家发明专利。

• 参考文献

  (1) Cancer Res. 2009 Sep 15;69(18)

  (2) Cell. 2017 Jun 15;169(7):1327-1341.e23.

  (3) Stat Appl Genet Mol Biol. 2005;4:Article17;

  (4) Genes (Basel). 2018 Jan; 9(1): 44