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转录组韦恩图

韦恩图,又称为venn图,是我们在日常数据处理过程中经常用到的一种图。图虽小,但实用性却非常高!

做转录组项目,最重要的就是看每个基因的表达量,根据表达量差异找出差异基因,从而研究差异基因的功能。而在作图之前最重要的就是按照特定条件找出差异基因,此方面我们分为三类来介绍如何按需筛选差异基因:


1.共有差异基因;

2.共有上调基因或共有下调基因;

3.一组上调,另一组下调基因。

在转录组项目提供的结果中,有一个差异基因汇总的表格名为diff_gene_of_all_groups,它就是我们今天数据来源的主角了,一般安安静静的躺在这里:

微信图片_20211126093952.jpg

1
共有差异基因

在diff_gene_of_all_groups表格中,上调的基因标为up,下调标为down,--为非显著差异基因。假如我们想查找在A_vs_B、A_vs_C中的共有差异基因,只需要按以下操作:


①点击筛选

②选择A_vs_B组

③选择up和down(上调和下调)

④A_vs_C组进行同样操作

此时**列筛选出的所有基因即为A_vs_B和A_vs_C两组共有的差异基因,下图:

同理如果想筛选出三组或更多组的共有差异基因都可按此来操作。

2
共有上调基因或共有下调基因

有了上面的铺垫,我们接下来的讲解就变得容易了很多,共有上调(下调)基因只需在1的基础上,把③和④(选择up和down)改为选择up(或down)即可。


3
一组上调,另一下调

前面操作一致,只需要在上述操作中把③和④分别改为A_vs_B选择up且A_vs_C选择down。

同理如果想要获取多个组不同类型(上下调)的共有差异基因,可以根据需求在比较组中自由选择。


文章分类: 转录组测序